<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>Thanks for suggestion. Actually, prior to running ICA, I did a notch filter of 50 Hz and also to remove cardioballistic effects based on the ECG channel.</div><div><br></div><div>Does it consider to be mixing the channels?</div>
<div><br></div><div>Cheers,</div><div>Hweeling</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 16 January 2014 13:54, Eelke Spaak <span dir="ltr"><<a href="mailto:eelke.spaak@donders.ru.nl" target="_blank">eelke.spaak@donders.ru.nl</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Hweeling,<br>
<br>
To add to Aaron's explanation, you can instruct the algorithm to use a<br>
subspace projection of your data by specifying cfg.runica.pca = N,<br>
where N is the rank of your data (in your case 119, it seems).<br>
<br>
Best,<br>
Eelke<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On 16 January 2014 13:42, Aaron Schurger <<a href="mailto:aaron.schurger@gmail.com">aaron.schurger@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Sounds like you may have done something to your data, like<br>
> interpolating channels, before you ran ICA. It is OK to filter your<br>
> data before running ICA, and some other operations are OK too, but if<br>
> you do anything that mixes activity from different channels in any<br>
> way, then you can run into problems with ICA (and results from ICA can<br>
> be invalid).<br>
> Aaron<br>
><br>
> On Thu, Jan 16, 2014 at 1:22 PM, Hwee Ling Lee <<a href="mailto:hweeling.lee@gmail.com">hweeling.lee@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> Dear all,<br>
>><br>
>> I've collected data using a 128 channel EEG cap, and I tried to perform ICA<br>
>> on the data. However, I got an error message with fieldtrip on Matlab.<br>
>> Here's the error message:<br>
>><br>
>> the input is raw data with 127 channels and 1 trials<br>
>> selecting 123 channels<br>
>> baseline correcting data<br>
>> scaling data with 1 over 148.247820<br>
>> concatenating data.<br>
>> concatenated data matrix size 123x2789000<br>
>> starting decomposition using runica<br>
>><br>
>> Input data size [123,2789000] = 123 channels, 2789000 frames/nFinding 123<br>
>> ICA components using logistic ICA.<br>
>> Decomposing 184 frames per ICA weight ((15129)^2 = 2789000 weights, Initial<br>
>> learning rate will be 0.001, block size 75.<br>
>> Learning rate will be multiplied by 0.9 whenever angledelta >= 60 deg.<br>
>> More than 32 channels: default stopping weight change 1E-7<br>
>> Training will end when wchange < 1e-07 or after 512 steps.<br>
>> Online bias adjustment will be used.<br>
>> Removing mean of each channel ...<br>
>> Final training data range: -3.46556 to 6.39436<br>
>> Computing the sphering matrix...<br>
>> Starting weights are the identity matrix ...<br>
>> Sphering the data ...<br>
>> Beginning ICA training ...<br>
>> Data has rank 119. Cannot compute 123 components.<br>
>> the call to "ft_componentanalysis" took 148 seconds<br>
>><br>
>> Could someone please let me know what went wrong?<br>
>><br>
>> Thanks!<br>
>><br>
>> Cheers,<br>
>> Hweeling<br>
>><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> fieldtrip mailing list<br>
>> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
>> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> Aaron Schurger, PhD<br>
> Senior researcher<br>
> Laboratory of Cognitive Neuroscience<br>
> Brain-Mind Institute, Department of Life Sciences<br>
> École Polytechnique Fédérale de Lausanne<br>
> Station 19, AI 2101<br>
> 1015 Lausanne, Switzerland<br>
> <a href="tel:%2B41%2021%20693%201771" value="+41216931771">+41 21 693 1771</a><br>
> <a href="mailto:aaron.schurger@epfl.ch">aaron.schurger@epfl.ch</a><br>
> <a href="http://lnco.epfl.ch/" target="_blank">http://lnco.epfl.ch/</a><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> fieldtrip mailing list<br>
> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">=================================================<br>Dr. rer. nat. Lee, Hwee Ling<br>Postdoc<br>German Center for Neurodegenerative Diseases (DZNE) Bonn<br>
<br>Email 1: hwee-ling.lee<at><a href="http://dzne.de" target="_blank">dzne.de</a><br>Email 2: hweeling.lee<at><a href="http://gmail.com" target="_blank">gmail.com</a><div><br></div><div><a href="https://sites.google.com/site/hweelinglee/home" target="_blank">https://sites.google.com/site/hweelinglee/home</a><br>
<br>Correspondence Address:<br>Ernst-Robert-Curtius Strasse 12, 53117, Bonn, Germany<br>=================================================<br></div></div>
</div>