<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div>Hi all,<br><u><b><br></b></u></div><div><u><b>Explanation</b></u><br></div>So I have a matrix with the<br>dimensions: SUBJECT X CONNECTIVITY X CHANa X CHANb X FREQ<br>
</div></div>size: 63 X 12 X 128 X 128 X 6<br></div>meaning:<br></div>- Subject 1:30 patients, 31:63 controls<br></div>- Connectivity different kinds of connectivity measures (dtf, coherence, ...)<br></div>- CHANa, CHANb: channels from biosemi128 layout<br>
</div>- Freq: connectivity measures at different frequencies (2Hz, 5.5Hz, 10.5Hz, ...)<br><br></div><div><u><b>Current way of doing it</b></u><br></div>I want to plot the grand average (patient-control comparison) into one figure.<br>
</div>What I am doing now is:<br></div>1) Looking for significant values: ttest2 for all patient and all controls nested in 4 for-loops.<br>Sweeping trough connectivity, frequency, first channel and second channel. Where 1st and 2d channel can't be equal)<br>
</div>2) Taking the grand average of patient and controls, multiplying with H0 reject/accept binary matrix resulting in zero connectivity strengths for non significant values and saving the connectivity matrix in 2 structures CONN_PAT and CONN_CON<br>
</div>3) Manually updating the rest of the CONN_PAT and CONN_CON fields (such as frequencies of interest) and eventually using it as an input for ft_topoplotCC. (one figure for every connectivity measure)<br><br></div><u><b>Questions:</b></u><br>
</div>1) It appears that ft_topoplotCC doesn't really look at the data field (eg cohspctrm) of CONN_PAT or CONN_CON, not declaring width of lines or opacity results in plotting all the connection lines, Am I doing something wrong?<br>
</div>2) If using the data field (eg plvspctrm) for controlling the opacity, shouldn't I first normalize the data? Eg: (data-average)/std(data) or /max(data) ?<br></div>3) How can I plot all the frequencies in different colors? I tried to use the hold on; hold off; command in a for loop for all frequencies but it does plot new figures.<br>
</div>4) Is there a way for plotting patients and controls in 1 figure? CONN_PAT - CONN_CON isn't a good way a one can get negative values.<br><br></div>Any ideas for plotting all this information in a matrix are more then welcome!<br>
</div><br>Bests, Bart<br></div>