<div dir="ltr"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">Hi Vitoria,</span><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">it looks like there is an artifact on the top of the head. It happened to me already and I had to preprocess the mri volume by using an appropriate cutoff and by thresholding (after plotting the histogram of the grey levels).</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">mri.anatomy = (mri.anatomy>thr).*mri.anatomy;</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">
<br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">or </div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">
mri.anatomy(:,:,230:256) = 0;</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">If thresholding is still not effective you might consider applying morphological operators (erode, dilate, open, close), after taking care that you voxel dimensions are cubic (diagonal values of the canonic form of mri.transform(1:3,1:3) are all the same). I use ft_volumereslice for that.</div>
<div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px"><br></div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">I hope this helps,</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px">
Cristiano</div><div style="font-family:arial,sans-serif;font-size:12.727272033691406px"><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Nov 16, 2013 at 9:31 AM, Vitoria Piai <span dir="ltr"><<a href="mailto:v.piai.research@gmail.com" target="_blank">v.piai.research@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi all,<br>
<br>
has anyone ever had a failed segmentation that looks like the one in the figure?<br>
My script works for all participants, I mean, for all other participants the brain is only inside the skull :)<br>
But it fails terribly for this one. I thought it could have to do with the placement of the fiducials, and I've played around a bit with that but it didn't solve the problem.<br>
If anyone recognises this type of error, I'd be help to hear if/how it can be fixed.<br>
<br>
Thanks a lot, Vitória<br>
<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>