<div dir="ltr">Hi Leo,<div><br></div><div>If I am remembering correctly, I think the problem could still be related to ft_convert_units even if the volume conductor and head model look like they're similar in size. For example, in the images I sent out when I was having this problem earlier, the volume conductor and hte sourcespace are the same size but one is tilted more, and the solution was nevertheless related to ft_convert_units (I think). In my case, this was because the conversion had to happen at a different time than it does in the tutorial. (I had to insert ft_convert_units somewhere earlier in the pipeline than where it was happening in the tutorial.) I'm sorry I can't be more specific, but if it will help I could try to look through my old code and re-figure out what I changed at the time.</div>
<div><br></div><div>Best,</div><div>Steve<br><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div dir="ltr"><div><br></div><div><br></div>Stephen Politzer-Ahles<br>New York University, Abu Dhabi<br>Neuroscience of Language Lab<br>
<a href="http://www.nyu.edu/projects/politzer-ahles/" target="_blank">http://www.nyu.edu/projects/politzer-ahles/</a><br></div></div>
<br><div class="gmail_quote"><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Mon, 30 Sep 2013 12:53:06 +0200<br>
From: Leopold Zizlsperger <<a href="mailto:zizlsperger@gmail.com">zizlsperger@gmail.com</a>><br>
To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>
Subject: Re: [FieldTrip] EEG Source reconstruction: sourcespace and<br>
        the volume conductor misaligned<br>
Message-ID:<br>
        <CAAk5s=<a href="mailto:WTe%2BT1PZO0jMb6KUvpHFyi-c0tFuG8Mc0m9um6vVdacA@mail.gmail.com">WTe+T1PZO0jMb6KUvpHFyi-c0tFuG8Mc0m9um6vVdacA@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>
<br>
Hello<br>
thanks for your answers, in combination with the tutorial they were a big<br>
help.<br>
I think I got closer but have a last issue:<br>
@ Jan-Mathijs: I redid the headmodel and it looks better now as shown on<br>
the screenshots attached, thanks<br>
@ Lilla and Stephen: the scaling in general should not be the problem I<br>
think, the sizes seem to match, thank you<br>
While both the volume conduction and the headmodel are expressed in CTF<br>
coordinates, see second screenshot vol vs sourcespace, they don't align<br>
very well > first screenshot<br>
Is there a way to align them manually? Or would it be legitimate to "cheat"<br>
with the fiducials of the sourcemodel ? By changing the preauricular points<br>
I think I could align them, but I am not sure if that would cuase problems<br>
later on...<br>
Thanks in advance<br>
Leo<br>
<br>
<br>
On Mon, Sep 30, 2013 at 12:43 PM, Leopold Zizlsperger <<a href="mailto:zizlsperger@gmail.com">zizlsperger@gmail.com</a><br>
> wrote:<br>
<br>
> Hello<br>
> thanks for your answers, in combination with the tutorial they were a big<br>
> help.<br>
> I think I got closer but have a last issue:<br>
> @ Jan-Mathijs: I redid the headmodel and it looks better now as shown on<br>
> the screenshots attached, thanks<br>
> @ Lilla and Stephen: the scaling in general should not be the problem I<br>
> think, the sizes seem to match, thank you<br>
> While both the volume conduction and the headmodel are expressed in CTF<br>
> coordinates, see third screenshot vol vs sourcespace, they don't align very<br>
> well > first two screenshots<br>
> Is there a way to align them manually? Or would it be legitimate to<br>
> "cheat" with the fiducials of the sourcemodel ? By changing the<br>
> preauricular points I think I could align them, but I am not sure if that<br>
> would cuase problems later on...<br>
> Thanks in advance<br>
> Leo<br>
><br>
><br>
><br>
> On Mon, Sep 30, 2013 at 10:29 AM, jan-mathijs schoffelen <<br>
> <a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>> wrote:<br>
><br>
>> Hi Leo,<br>
>><br>
>> May I add to Lilla's comments that the reconstructed headmodel looks<br>
>> quite bad to me. This suggests that the automatic anatomical segmentation<br>
>> did not work well. The most likely cause is that the coordinate system<br>
>> which you specified for the anatomical image in the input was incorrect<br>
>> (e.g. specifying 'spm', while it should have been 'ctf' or so), or that the<br>
>> transformation matrix mapping from voxels to head coordinates was not<br>
>> correct.<br>
>><br>
>> Best,<br>
>> Jan-Mathijs<br>
>><br>
>><br>
>> On Sep 30, 2013, at 9:53 AM, <a href="mailto:lilla.magyari@mpi.nl">lilla.magyari@mpi.nl</a> wrote:<br>
>><br>
>> Hello Leo and Stephen,<br>
>><br>
>> yes, it is unfortunate, that there is still a problem with the MNE<br>
>> tutorial. I think the main problem is the integration of the pipeline with<br>
>> Freesurfer which requires a more careful look on the script.<br>
>> I could not find the attached image from Leo. If the sourcespace and the<br>
>> volume conduction models are not well-aligned because one of them is too<br>
>> small compared to the other, then it will probably help if you convert the<br>
>> units.<br>
>> In Fieldtrip, the handling of the units of the volume conduction model has<br>
>> changed, which means that they are not automatically converted to 'cm'<br>
>> anymore.<br>
>> Lilla<br>
>><br>
>><br>
>> Hello Leo,<br>
>><br>
>><br>
>> This looks like the same problem I was having a few months ago, and there<br>
>><br>
>> should be some messages on the list about it. I am not able to look at my<br>
>><br>
>> data and scripts right now, but if I remember correctly (you can check the<br>
>><br>
>> lists for more) the problem had to do with the transformation matrix, and<br>
>><br>
>> ft_convert_units. In my case, during the "volume conduction model" step of<br>
>><br>
>> the tutorial (the last step before you can plot the vol and sourcespace<br>
>><br>
>> together), I had to add an extra<br>
>><br>
>><br>
>> vol = ft_convert_units(vol, 'cm')<br>
>><br>
>><br>
>> before ft_transform_geometry. I don't remember if this alone will solve<br>
>><br>
>> the<br>
>><br>
>> problem (unfortunately the the situation is kind of complicated right now,<br>
>><br>
>> there is also a different version of the minimum norms tutorial that is<br>
>><br>
>> still in development--see the previous messages for links--and I think my<br>
>><br>
>> processing pipeline ended up being a mixture of the two to get things<br>
>><br>
>> working. Which means that it's hard to track where exactly I solved the<br>
>><br>
>> problem.)<br>
>><br>
>><br>
>> Best,<br>
>><br>
>> Steve<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> Message: 1<br>
>><br>
>>  Date: Sat, 28 Sep 2013 15:25:32 +0200<br>
>><br>
>> From: Zizlsperger Leopold <<a href="mailto:zizlsperger@gmail.com">zizlsperger@gmail.com</a>><br>
>><br>
>> To: <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>
>><br>
>> Subject: [FieldTrip] EEG Source reconstruction: sourcespace and the<br>
>><br>
>>        volume  conductor misaligned<br>
>><br>
>> Message-ID: <<a href="mailto:06D14B0C-655A-4EF2-A69A-B735DBDBC504@gmail.com">06D14B0C-655A-4EF2-A69A-B735DBDBC504@gmail.com</a>><br>
>><br>
>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>
>><br>
>><br>
>> Hi all,<br>
>><br>
>> I am following the instructions in the "Source reconstruction of<br>
>><br>
>> event-related fields using minimum-norm estimate" tutorial closely to do<br>
>><br>
>> a<br>
>><br>
>> source-analysis of EEG data using the example MRI. As I am following the<br>
>><br>
>> tutorial almost unchanged I am not including the script here.<br>
>><br>
>><br>
>> When I re-align the volume conduction model to the sourcespace they are<br>
>><br>
>> not aligned very well, see screenshot attached. I remember a similar<br>
>><br>
>> question in the mailing list a while ago but cannot find it...<br>
>><br>
>><br>
>> Is there a way to interactively realign volume conduction model and<br>
>><br>
>> sourcespace? Re-doing the fiducials did not change the aligment<br>
>><br>
>> considerably. Also, my volume conduction model looks weird...<br>
>><br>
>> I used ft_determine_coordsys on both the vol and the sourcespace, see<br>
>><br>
>> screenshots attached, too.<br>
>><br>
>> Would be nice if you could point me in the right direction.<br>
>><br>
>> Thanks in advance.<br>
>><br>
>> Leo<br>
>><br>
>><br>
>> ----<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> Dr. med. Leopold Zizlsperger<br>
>><br>
>> Klinik f?r Neurologie<br>
>><br>
>> Uniklinik RWTH Aachen<br>
>><br>
>> Pauwelsstrasse 30<br>
>><br>
>> 52074 Aachen<br>
>><br>
>> Tel: <a href="tel:%2B49%20241%2080%2035465" value="+492418035465">+49 241 80 35465</a><br>
>><br>
>> <a href="mailto:lzizlsperger@ukaachen.de">lzizlsperger@ukaachen.de</a><br>
>><br>
>><br>
>> Leopold Zizlsperger, MD<br>
>><br>
>> Department of Neurology<br>
>><br>
>> RWTH Aachen University<br>
>><br>
>> Pauwelsstrasse 30<br>
>><br>
>> 52074 Aachen, Germany<br>
>><br>
>> Tel: <a href="tel:%2B49%20241%2080%2035465" value="+492418035465">+49 241 80 35465</a><br>
>><br>
>> <a href="mailto:lzizlsperger@ukaachen.de">lzizlsperger@ukaachen.de</a><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> -------------- next part --------------<br>
>><br>
>> An HTML attachment was scrubbed...<br>
>><br>
>> URL: <<br>
>><br>
>><br>
>> <a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130928/aff715c6/attachment.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130928/aff715c6/attachment.html</a><br>

>><br>
>><br>
>> -------------- next part --------------<br>
>><br>
>> A non-text attachment was scrubbed...<br>
>><br>
>> Name: align 2.png<br>
>><br>
>> Type: image/png<br>
>><br>
>> Size: 200601 bytes<br>
>><br>
>> Desc: not available<br>
>><br>
>> URL: <<br>
>><br>
>><br>
>> <a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130928/aff715c6/attachment.png" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130928/aff715c6/attachment.png</a><br>

>><br>
>><br>
>> -------------- next part --------------<br>
>><br>
>> A non-text attachment was scrubbed...<br>
>><br>
>> Name: align.png<br>
>><br>
>> Type: image/png<br>
>><br>
>> Size: 208103 bytes<br>
>><br>
>> Desc: not available<br>
>><br>
>> URL: <<br>
>><br>
>><br>
>> <a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130928/aff715c6/attachment-0001.png" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130928/aff715c6/attachment-0001.png</a><br>

>><br>
>><br>
>> -------------- next part --------------<br>
>><br>
>> A non-text attachment was scrubbed...<br>
>><br>
>> Name: vol.png<br>
>><br>
>> Type: image/png<br>
>><br>
>> Size: 148045 bytes<br>
>><br>
>> Desc: not available<br>
>><br>
>> URL: <<br>
>><br>
>><br>
>> <a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130928/aff715c6/attachment-0002.png" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130928/aff715c6/attachment-0002.png</a><br>

>><br>
>><br>
>> -------------- next part --------------<br>
>><br>
>> A non-text attachment was scrubbed...<br>
>><br>
>> Name: sourcespace.png<br>
>><br>
>> Type: image/png<br>
>><br>
>> Size: 122200 bytes<br>
>><br>
>> Desc: not available<br>
>><br>
>> URL: <<br>
>><br>
>><br>
>> <a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130928/aff715c6/attachment-0003.png" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130928/aff715c6/attachment-0003.png</a><br>

>><br>
>><br>
>><br>
>> ------------------------------<br>
>><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>><br>
>> fieldtrip mailing list<br>
>><br>
>> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
>><br>
>> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
>><br>
>><br>
>> End of fieldtrip Digest, Vol 34, Issue 28<br>
>><br>
>> *****************************************<br>
>><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>><br>
>> fieldtrip mailing list<br>
>><br>
>> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
>><br>
>> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> fieldtrip mailing list<br>
>> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
>> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
>><br>
>><br>
>>     Jan-Mathijs Schoffelen, MD PhD<br>
>><br>
>> Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour,<br>
>> Centre for Cognitive Neuroimaging,<br>
>> Radboud University Nijmegen, The Netherlands<br>
>><br>
>> Max Planck Institute for Psycholinguistics,<br>
>> Nijmegen, The Netherlands<br>
>><br>
>> <a href="mailto:J.Schoffelen@donders.ru.nl">J.Schoffelen@donders.ru.nl</a><br>
>> Telephone: <a href="tel:%2B31-24-3614793" value="+31243614793">+31-24-3614793</a><br>
>><br>
>> <a href="http://www.hettaligebrein.nl" target="_blank">http://www.hettaligebrein.nl</a><br>
>><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> fieldtrip mailing list<br>
>> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
>> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
>><br>
><br>
><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130930/a4a68f34/attachment.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130930/a4a68f34/attachment.html</a>><br>

-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: source sourcespace mit vol.png<br>
Type: image/png<br>
Size: 307944 bytes<br>
Desc: not available<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130930/a4a68f34/attachment.png" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130930/a4a68f34/attachment.png</a>><br>

-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: source sourcespace vs vol.png<br>
Type: image/png<br>
Size: 337423 bytes<br>
Desc: not available<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130930/a4a68f34/attachment-0001.png" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130930/a4a68f34/attachment-0001.png</a>><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<br>
End of fieldtrip Digest, Vol 34, Issue 31<br>
*****************************************<br>
</blockquote></div><br></div></div></div>