Hi there, <br>I have a question regarding virtual electrodes: How can I double check that the MNI coordinates that I enter are correctly interpreted?<br>More specifically:<br>I have followed the the extended beamforming tutorial in the "Appendix" and have been able to transpose it to my data (I have 4D/BTi MEG files and Dicom mri volumes).The part I am not certain about is the call to the LCMV beamformer.<br>

Here it is in my case ( I just want to get the voxel were the power is max in the previous analysis):<br>cfg              = [];<br>cfg.method       = 'lcmv';<br>cfg.vol          = volfcm;<br>cfg.grid.pos     = source_diff.pos(maxpowindx, :);<br>

cfg.grid.inside  = 1:size(cfg.grid.pos, 1);<br>cfg.grid.outside = [];<br>cfg.grad=senscm<br>source_idx       = ft_sourceanalysis(cfg, tlock);<br>My headmodel does not include MEG channel information so I need to also define the cfg.grad parameter. What I don't understand is how cfg.grid.pos (which is in MNI coordinates as per the previous part of the tutorial) can be correctly applied to the coordinates of the headmodel and the channels since these 2 are not in MNI coordinates (in my case they are in 4d/Bti coordinates and rescaled to cm).In the previous part of the tutorial this is (if I understand correctly) accomplished because the leadfield used when calling ft_sourceanalysis was created using and MNI-warped template. I don't see where the equivalent part is when estimating the virtual electrode though.<br>

Any advice you may have would be much appreciated.<br>Best,<br>Haris<br><br><br>Charidimos [Haris] Tzagarakis MD, PhD, MRCPsych
<br>University of Minnesota Dept of Neuroscience and Brain Sciences Center
<br><br>