Dear all,
<div><br></div><div>I have CTF MEG data and I am interested in a gamma band topographies. We recorded two sessions for every subject. Now I would like to compare grand averages of these two sessions over all subjects(n=13). Without realignment these grand average topographies look ok and according to our expectation. However, I know that it would be reasonable to do realignment of all datasets (n=13x2) to common template. I have tried that with ft_megrealign which uses method suggested by Knösche, 2002 and this doesn't work. It gives me very weird results, meaning that topographies are totally changed and some new occipital activity emerges. I have plotted single subject head models(singleshell) together with sensors and they are accurately aligned. Then I tried different inwardshift options for ft_megrealign and this didn't bring so much success. So my question is, could I go without the realignment and what I need to do in order to overcome problem with realignment?</div>