<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif"><div class="gmail_default" style="font-size:13px">Hi,</div><div class="gmail_default" style="font-size:13px"><br>

</div><div class="gmail_default" style="font-size:13px">When I use ft_denoise_synthetic on my preprocessed CTF275 MEG data to covert to 3rd order gradient, it replaces the values in data.grad.chanpos and data.grad.chanori with NaNs.</div>

<div class="gmail_default" style="font-size:13px"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:13px">I assume this is done because they are no longer valid.</div><div class="gmail_default" style="font-size:13px">

When digging into the low-level code I found something about mismatching number of channels.</div><div class="gmail_default" style="font-size:13px"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:13px">Anyway, when I want to subsequently covert to planar gradient (does this actually makes sense?) or create a source model, I need these grad values.</div>

<div class="gmail_default" style="font-size:13px"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:13px">I have two questions:</div><div class="gmail_default" style="font-size:13px"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:13px">

1) What does ft_denoise_synthetic exactly do (in non-math terms) and why are NaNs inserted in the grad subfields?</div><div class="gmail_default" style="font-size:13px"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:13px">

2) Can I still use the data for planar gradient conversion or source modeling by using the earlier stored old gradient info (pre ft_denoise_synthetic) or is this ill-advised and is there a more wise course of action?</div>

<div class="gmail_default" style="font-size:13px"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:13px">Thanks in advance,</div><div class="gmail_default" style="font-size:13px">Best,</div><div class="gmail_default" style="font-size:13px">

Alexander Backus</div></div></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><font style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;color:rgb(102,102,102)" color="#888888"><span style="color:rgb(0,0,0)">Alexander R. Backus</span>, MSc<br>



<span style="color:rgb(102,102,102)">PhD Candidate at the </span></font><font style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;color:rgb(102,102,102)" color="#888888">Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour</font><font style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;color:rgb(102,102,102)"><br>

Centre for Cognitive Neuroimaging</font><font style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;color:rgb(102,102,102)" color="#888888"><br>Radboud University Nijmegen<br>
</font><div style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;color:rgb(102,102,102)"><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;color:rgb(102,102,102)">Memory and Space Research Group<br><a style="color:rgb(102,102,102)" href="http://www.doellerlab.com" target="_blank">www.doellerlab.com</a><br>


</span><font><br>P.O. Box 9101, NL-6500 HB Nijmegen </font><font style="font-family:trebuchet ms,sans-serif">, The Netherlands</font><font><br>

</font></div><font style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;color:rgb(102,102,102)" color="#888888">Telephone:</font><font style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;color:rgb(102,102,102)" color="#888888"><font style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;color:rgb(153,153,153)"> </font></font><span style="color:rgb(102,102,102);font-family:trebuchet ms,sans-serif"><a value="+31243610754">+31(0)24 36 10754</a></span><font style="font-family:trebuchet ms,sans-serif" color="#888888"><br>


</font>
</div>