Hi <span style="font-size:13px;color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;background-color:rgb(255,255,255)">J</span><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif">örn</span><span style="font-size:13px;color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;background-color:rgb(255,255,255)"> and Casper,</span><div>
<font color="#222222" face="arial, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#222222" face="arial, sans-serif">Thank you very for your answers </font></div><div><font color="#222222" face="arial, sans-serif">I will use Jörns suggestion. I wasn't aware that you upgraded </font>ft_preprocessing. </div>
<div>All the best!</div><div><br></div><div>Nenad</div><div><br><div class="gmail_quote">On 24 June 2013 10:44, <span dir="ltr"><<a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-request@science.ru.nl</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">Send fieldtrip mailing list submissions to<br>        <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>
<br>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>        <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl">fieldtrip-request@science.ru.nl</a><br><br>You can reach the person managing the list at<br>        <a href="mailto:fieldtrip-owner@science.ru.nl">fieldtrip-owner@science.ru.nl</a><br>
<br>When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>than "Re: Contents of fieldtrip digest..."<br><br><br>Today's Topics:<br><br>   1. Decreased baseline level after using ICA in ERP data<br>
      (Beom Jun Min)<br>   2. Re: Decreased baseline level after using ICA in ERP data<br>      (Lozano Soldevilla, D. (Diego))<br>   3. Re: padding of segmented data (J?rn M. Horschig)<br><br><br>----------------------------------------------------------------------<br>
<br>Message: 1<br>Date: Mon, 24 Jun 2013 13:27:47 +0900<br>From: Beom Jun Min <<a href="mailto:mbj0310@gmail.com">mbj0310@gmail.com</a>><br>To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>
Subject: [FieldTrip] Decreased baseline level after using ICA in ERP<br>        data<br>Message-ID:<br>        <<a href="mailto:CA%2Bv9jvKJnKAfsQDwoDhNVSPAKCmpOpwut8vdmFXa1akp_1WDGA@mail.gmail.com">CA+v9jvKJnKAfsQDwoDhNVSPAKCmpOpwut8vdmFXa1akp_1WDGA@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br><br>Dear all,<br><br>I have ERP data and now I am dealing with ICA to remove muscle and eye<br>artifacts.<br>However, I found that after ft_rejectcomponent, the baseline level of the<br>
segmented epoch decreased. (The baselinewindow is [-0.2 0].)<br>The baseline level decreased even though I rejected only one component.<br><br>My script is shown below.<br><br>*%% Removing the Artifacts*<br>*cfg = [];<br>
*<br>*cfg.component = [ ]; % to be removed component(s)*<br>*post_ICA_temp6 = ft_rejectcomponent(cfg, comp_detrand, data_raw);*<br>*<br>*<br>*%% timelocking*<br>*<br>*<br>*cfg = [];*<br>*timelock_temp6 = ft_timelockanalysis(cfg, post_ICA_temp6);*<br>
*<br>*<br>*%% Plot*<br>*<br>*<br>*figure;*<br>*cfg = [];*<br>*cfg.layout = lay;*<br>*cfg.interactive = 'yes';*<br>*cfg.channel = ['all', {'-EKG', '-EMG'}];*<br>*ft_multiplotER(cfg, timelock_temp6)*<br>
<br>Is there something that I missed?<br><br>Thanks.<br><br>BJ<br><br>--<br>BeomJun Min, M.D.<br><br>Department of Medical System Engineering (DMSE)<br>Gwangju Institute of Science and Technology (GIST)<br>261 Cheomdan-gwagiro(Oryong-dong), Buk-gu, Gwangju<br>
500-712, Republic of Korea (South)<br>Phone: +82-62-715-3266 / Fax: +82-62-715-3244<br>E-mail: <a href="mailto:mbj0310@gmail.com">mbj0310@gmail.com</a>, <a href="http://bmssa.gist.ac.kr/" target="_blank">http://bmssa.gist.ac.kr</a><br>
-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130624/02dd2d57/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130624/02dd2d57/attachment-0001.html</a>><br>
<br>------------------------------<br><br>Message: 2<br>Date: Mon, 24 Jun 2013 10:25:24 +0200 (CEST)<br>From: "Lozano Soldevilla, D. (Diego)"<br>        <<a href="mailto:d.lozanosoldevilla@fcdonders.ru.nl">d.lozanosoldevilla@fcdonders.ru.nl</a>><br>
To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>Subject: Re: [FieldTrip] Decreased baseline level after using ICA in<br>        ERP data<br>Message-ID:<br>        <<a href="mailto:831995030.1708865.1372062324986.JavaMail.root@sculptor.zimbra.ru.nl">831995030.1708865.1372062324986.JavaMail.root@sculptor.zimbra.ru.nl</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br><br>Dear Beom Jun, I see multiple scenarios why this baseline activity decrease could happen. First of all, how the component you're rejecting look like (i.e. "blink component")? Do you see this activity decrease after the baseline period? The "quality" of the ICA decomposition, how well your artifact/component of interest has been isolated by algorithm in time (i.e. blink time courses) and space (marked frontal topography), will determine the activity that later on you'll reject/select. If your decomposition is not well suited, the rejection of a particular IC activity might have "extra" activity you don't want to reject (effect of interest), might be the algorithm is not able to isolate the components of interests (i.e. artifacts) or a combination of both. To evaluate the quality of your ICA decomposition you might have a look here ( <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19162199" target="_blank">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19162199</a> ). Basically, the authors find that the ICA decomposition improves significantly " increased by removing the mean EEG at each channel for each epoch of data rather than the mean EEG in a prestimulus baseline" . In addition (see here: <a href="http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2012/004925.html" target="_blank">http://sccn.ucsd.edu/pipermail/eeglablist/2012/004925.html</a> ), high-pass filtering above ~1hz improve the results. It's very important to feed ICA as much relevant data as you can use. The more the data, the better the decomposition. There's a rule of thumb that says that for a reliable IC decomposition 20 time points per channel 2 is needed (see here for a reference <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16904745" target="_blank">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16904745</a> ) I hope that helps, Diego ----- Original Message -----<br>
> From: "Beom Jun Min" <<a href="mailto:mbj0310@gmail.com">mbj0310@gmail.com</a>><br>> To: "FieldTrip discussion list" <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>
> Sent: Monday, 24 June, 2013 6:27:47 AM<br>> Subject: [FieldTrip] Decreased baseline level after using ICA in ERP<br>> data<br>> Dear all,<br>> I have ERP data and now I am dealing with ICA to remove muscle and eye<br>
> artifacts.<br>> However, I found that after ft_rejectcomponent, the baseline level of<br>> the segmented epoch decreased. (The baselinewindow is [-0.2 0].)<br>> The baseline level decreased even though I rejected only one<br>
> component.<br>> My script is shown below.<br>> %% Removing the Artifacts<br>> cfg = [];<br>> cfg.component = [ ]; % to be removed component(s)<br>> post_ICA_temp6 = ft_rejectcomponent(cfg, comp_detrand, data_raw);<br>
> %% timelocking<br>> cfg = [];<br>> timelock_temp6 = ft_timelockanalysis(cfg, post_ICA_temp6);<br>> %% Plot<br>> figure;<br>> cfg = [];<br>> cfg.layout = lay;<br>> cfg.interactive = 'yes';<br>
> cfg.channel = ['all', {'-EKG', '-EMG'}];<br>> ft_multiplotER(cfg, timelock_temp6)<br>> Is there something that I missed?<br>> Thanks.<br>> BJ<br>> --<br>> BeomJun Min, M.D.<br>
> Department of Medical System Engineering (DMSE)<br>> Gwangju Institute of Science and Technology (GIST)<br>> 261 Cheomdan-gwagiro(Oryong-dong), Buk-gu, Gwangju<br>> 500-712, Republic of Korea (South)<br>> Phone: +82-62-715-3266 / Fax: +82-62-715-3244<br>
> E-mail: <a href="mailto:mbj0310@gmail.com">mbj0310@gmail.com</a> , <a href="http://bmssa.gist.ac.kr/" target="_blank">http://bmssa.gist.ac.kr</a><br>> _______________________________________________<br>> fieldtrip mailing list<br>
> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
-- PhD Student Neuronal Oscillations Group Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour Centre for Cognitive Neuroimaging Radboud University Nijmegen NL-6525 EN Nijmegen The Netherlands <a href="http://www.ru.nl/people/donders/lozano-soldevilla-d/" target="_blank">http://www.ru.nl/people/donders/lozano-soldevilla-d/</a><br>
-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130624/ea1393f7/attachment-0001.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130624/ea1393f7/attachment-0001.html</a>><br>
<br>------------------------------<br><br>Message: 3<br>Date: Mon, 24 Jun 2013 10:43:11 +0200<br>From: "J?rn M. Horschig" <<a href="mailto:jm.horschig@donders.ru.nl">jm.horschig@donders.ru.nl</a>><br>To: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>
Subject: Re: [FieldTrip] padding of segmented data<br>Message-ID: <<a href="mailto:51C8069F.5070707@donders.ru.nl">51C8069F.5070707@donders.ru.nl</a>><br>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"; Format="flowed"<br>
<br>Hi Nenad,<br><br>what Casper said is not quite true. You can pad segmented trials, but<br>you are limited in how to pad. There are different ways of padding, and<br>what Casper was referring to is true data padding. Once you segmented<br>
your trials you cannot get back to your recorded data and attach more<br>data to it. This is because filtering artifacts at edges etc would<br>result in discontinuities and the like. However, there are other ways to<br>achieve what you want. The most elegant way in my opinion is what Casper<br>
already suggested. Just for completeness, you can still pad using<br>zero-padding (i.e. adding a bunch of 0s in the beginning and at the end<br>of your trials). Other ways are mean-padding (pad with the mean value),<br>or edge-padding (using the first/last value to padding). However, with<br>
all these methods you mostly also add a discontinuity, but you<br>explicitly ask for that in this case :) The most elegant solution here<br>might be to use mirror-padding, which is recently implemented.<br>See here:<br><a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/reference/ft_preprocessing" target="_blank">http://fieldtrip.fcdonders.nl/reference/ft_preprocessing</a><br>
and here:<br><a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/reference/ft_preproc_padding" target="_blank">http://fieldtrip.fcdonders.nl/reference/ft_preproc_padding</a><br><br>Best,<br>J?rn<br><br>On 6/22/2013 2:32 PM, Casper van Heck wrote:<br>
> Dear Nenad,<br>><br>> I think the option cfg.padding only works for that iteration of<br>> ft_preprocessing, but what you can do, is select larger segments<br>> initially, and then run ft_preprocessing again with smaller segments.<br>
><br>> While you can set ft_preprocessing to apply multiple different filters<br>> in one go (like a low-pass, a high-pass, and a DFT-filter, for<br>> example), using a similar filter multiple times (like a high-pass<br>
> filter at 4Hz, and another at 8Hz) is usually not required, or<br>> recommended. If you do multiple analyses on the same data (which, for<br>> example, require different filters) you could find it useful to create<br>
> multiple smaller pipelines with their own ft_preprocessing. Debugging<br>> complex analyses can be a lot easier that way:)<br>><br>> Hope this helps,<br>><br>> Casper<br>><br>><br>> On Sat, Jun 22, 2013 at 1:34 PM, Nenad Polomac <<a href="mailto:polomacnenad@gmail.com">polomacnenad@gmail.com</a><br>
> <mailto:<a href="mailto:polomacnenad@gmail.com">polomacnenad@gmail.com</a>>> wrote:<br>><br>>     Dear all,<br>><br>>     In my pipeline I need two times to filter data with<br>>     ft_preprocessing. Is it somehow possible to pad trials<br>
>     after segmentation? I need this in order to avoid filter artifacts<br>>     during the second filtering.<br>><br>>     Thank you in advance!<br>><br>>     Nenad<br>><br>>     _______________________________________________<br>
>     fieldtrip mailing list<br>>     <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a> <mailto:<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a>><br>>     <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
><br>><br>><br>><br>> _______________________________________________<br>> fieldtrip mailing list<br>> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<br><br>--<br>J?rn M. Horschig<br>PhD Student<br>Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour<br>Centre for Cognitive Neuroimaging<br>Radboud University Nijmegen<br>Neuronal Oscillations Group<br>FieldTrip Development Team<br>
<br>P.O. Box 9101<br>NL-6500 HB Nijmegen<br>The Netherlands<br><br>Contact:<br>E-Mail: <a href="mailto:jm.horschig@donders.ru.nl">jm.horschig@donders.ru.nl</a><br>Tel:    <a href="tel:%2B31-%280%2924-36-68493" value="+31243668493">+31-(0)24-36-68493</a><br>
Web: <a href="http://www.ru.nl/donders" target="_blank">http://www.ru.nl/donders</a><br><br>Visiting address:<br>Trigon, room 2.30<br>Kapittelweg 29<br>NL-6525 EN Nijmegen<br>The Netherlands<br><br>-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130624/d7eb547a/attachment.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130624/d7eb547a/attachment.html</a>><br>
<br>------------------------------<br><br>_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br><a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<br>End of fieldtrip Digest, Vol 31, Issue 41<br>*****************************************<br></blockquote><div><br></div></div></div>