<div dir="ltr"><div>Hi Arjen,<br><br></div>Thanks, I also just tried that (after noticing that code in a later part of the example) and can confirm that that change makes the plot come out like the plot in the example. I updated the wiki accordingly.<br>
<br>Best,<br>Steve<br><div><div><br>> Message: 1<br>> Date: Mon, 24 Jun 2013 20:11:26 +0200 (CEST)<br>> From: "Stolk, A." <<a href="mailto:a.stolk@fcdonders.ru.nl">a.stolk@fcdonders.ru.nl</a>><br>
> To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> Subject: Re: [FieldTrip] fieldtrip Digest, Vol 31, Issue 27<br>> Message-ID:<br>>         <<a href="mailto:331233946.1725662.1372097486678.JavaMail.root@sculptor.zimbra.ru.nl">331233946.1725662.1372097486678.JavaMail.root@sculptor.zimbra.ru.nl</a>><br>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>><br>> Hi Steve, With respect to the cube vs. brain-shaped grid; this seems to be plotting-related? template_grid.inside in the snippet of code below selects only the grid points that have been determined as inside the brain, but with a negative inwardshift, hence it's also outside. ft_plot_mesh ( template_grid. pos ( template_grid. inside ,: ) ) ; % taken from the wiki Hopefully someone else has up-to-date knowledge to answer your question pertaining to the units (mm vs. cm) of the volume conductor and the source model. Best regards, Arjen ----- Oorspronkelijk bericht -----<br>
> > Van: "Stephen Politzer-Ahles" <<a href="mailto:politzerahless@gmail.com">politzerahless@gmail.com</a>><br>> > Aan: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>> > Verzonden: Maandag 24 juni 2013 17:19:59<br>
> > Onderwerp: Re: [FieldTrip] fieldtrip Digest, Vol 31, Issue 27<br>> > Hi everyone,<br>> > I recently tried<br>> > <a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/example/create_single-subject_grids_in_individual_head_space_that_are_all_aligned_in_mni_space">http://fieldtrip.fcdonders.nl/example/create_single-subject_grids_in_individual_head_space_that_are_all_aligned_in_mni_space</a><br>
> > and noticed some inconsistencies between the example code and the<br>> > results; I updated the code on the wiki but I wanted to send a message<br>> > to the list to double-check whether my changes are ok. Firstly, I had<br>
> > to add a call to ft_convert_units, because otherwise the vol was<br>> > expressed in mm and the grid in cm, causing the grid to be much<br>> > smaller than the volume conductor (see <a href="http://i.imgur.com/gzct9Dm.png">http://i.imgur.com/gzct9Dm.png</a><br>
> > ). Is this change ok?<br>> > The result I get is still not quite consistent with the examples shown<br>> > on that page, though; in my result, the grid is a cube (<br>> > <a href="http://i.imgur.com/NSgCFpg.png">http://i.imgur.com/NSgCFpg.png</a> ), whereas in the example the grid is<br>
> > brain-shaped. I used the same Fieldtrip brain template and the same<br>> > code from the example (except for the change above), so I'm not sure<br>> > if the difference is due to different plot settings, a change in the<br>
> > Fieldtrip code since this example was made, or a change in the sample<br>> > brain included in Fieldtrip since the example was made.<br>> > Best,<br>> > Steve<br></div></div></div>