<div dir="ltr"><div>Well, it uses fixed orientation but it calculates the orientation based on the signal, not on the anatomy. I am trying to reduce leakage problems by limiting orientation according to structure. you CAN specify dip.mom but this is really buggy.<br>

</div>thanks<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 18 June 2013 16:16, Eelke Spaak <span dir="ltr"><<a href="mailto:eelke.spaak@donders.ru.nl" target="_blank">eelke.spaak@donders.ru.nl</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Yuval,<br>
<br>
The LCMV and DICS beamforming implementations in FieldTrip support<br>
cfg.<method>.fixedori = 'yes', where <method> is either 'lcmv' or<br>
'dics'. This will compute a filter which constrains each dipole to<br>
point in the strongest orientation. For SAM I think this is not<br>
implemented, and for MNE I have no clue.<br>
<br>
Does this answer your question? Or are you lookling for another type<br>
of fixed orientation, maybe based on anatomy or so?<br>
<br>
Best,<br>
Eelke<br>
<div><div class="h5"><br>
On 18 June 2013 14:58, Yuval Harpaz <<a href="mailto:yuvharpaz@gmail.com">yuvharpaz@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Dear group<br>
> I would like to ask again<br>
> (<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2011-February/003456.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2011-February/003456.html</a>)<br>
> about head model with fixed dipole orientation (obtained from freesurfer),<br>
> as I saw no reply to the previous message.<br>
><br>
> I understand that there is no civilized way, currently, to tell MNE or<br>
> beamforming to use fixed orientation, or am I wrong?<br>
><br>
> applying 'sam' I managed to set dipole orinetation by making a dip.mom field<br>
> in addition to dip.pos and by<br>
> gain = lf;<br>
> instead of the existing<br>
> gain = lf * UnitMDip';<br>
> note that here lf is a vector (no 3 columns).<br>
><br>
> However this is patchy and not thorough. So can you please tell me if there<br>
> is a way to do it with regular ft functions?<br>
> thank you<br>
> Yuval<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> Dr .Harpaz<br>
><br>
> BIU MEG lab<br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> fieldtrip mailing list<br>
> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr"><div>Yuval</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><br>Dr .Harpaz<br><br><a href="http://faculty.biu.ac.il/~goldsa/index.html" target="_blank">BIU MEG lab</a><br>

</div>
</div>