<div dir="ltr"><div style>Dear Nicolai,</div><div style><br></div>Good timing, I have just last week filed a 'bug' for this code modification request:  <a href="http://bugzilla.fcdonders.nl/show_bug.cgi?id=2185">http://bugzilla.fcdonders.nl/show_bug.cgi?id=2185</a>    <div style>

You may add yourself to the CC list if you wish to receive updates on the bug progress.   </div><div style><br></div><div style>I would be interested to hear if anyone else has thoughts on your suggestion to 'hack' it as a timelock structure with channels.</div>

<div style><br></div><div style>Best,</div><div style>Johanna</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2013/6/12 Nicolai Mersebak <span dir="ltr"><<a href="mailto:nicolai@mersebak.dk" target="_blank">nicolai@mersebak.dk</a>></span><br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear all,<div><br></div><div>I have a question concerning <span style>the usage of ft_sourcegrandaverage and ft_sourcestatistics. </span></div>

<div><font color="#000000"><br></font></div><div>
<font color="#000000">After using ft_sourceanalysis (method: MNE), I get spatio-temporal source reconstructed data in source.avg.pow (4050 x 897): 4050 sources and 897 time points. </font></div><div><font color="#000000"><br>


</font></div><div><font color="#000000">Now I would like to use the cluster-based permutation test on my source reconstructed data. However it seems like ft_sourcegrandaverage and</font><span style> ft_sourcestatistics don't support source level time courses. E.g when I am using </span><span style>ft_sourcegrandaverage I am getting the following error:</span></div>


<div><font color="#000000"><br></font></div><div><div>Error in ft_sourcegrandaverage (line 158)</div><div>  dat(:,i) = tmp(:);</div><div><br></div><div>Looking into the code:</div><div><br></div><div><p style="margin:0px;font-size:10px;font-family:Courier">


  <span style="color:rgb(4,51,255)">for</span> i=1:Nsubject</p>
<p style="margin:0px;font-size:10px;font-family:Courier">    tmp = getsubfield(varargin{i}, parameterselection(cfg.parameter, varargin{i}));</p>
<p style="margin:0px;font-size:10px;font-family:Courier">    dat(:,i) = tmp(:);</p>
<p style="margin:0px;font-size:10px;font-family:Courier">    tmp = getsubfield(varargin{i}, <span style="color:rgb(178,69,243)">'inside'</span>);</p>
<p style="margin:0px;font-size:10px;font-family:Courier">    inside(tmp,i) = 1;</p>
<p style="margin:0px;font-size:10px;font-family:Courier;color:rgb(4,51,255)"><span style="color:rgb(0,0,0)">  </span>end</p><div><br></div></div><div>I see that "tmp" are getting the structure [N_sources x timepoints] from source.avg.pow for one subject, where "dat" requires the structure [N_sources x 1]. <br>


</div><div><br></div><div>I seached the mailing list for similar issues and found this thread:</div><div><br></div><div><a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2010-September/003122.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2010-September/003122.html</a><br>


</div><div><br></div><div>Since I am interested in using the temporal dimension in my statistics, I would like to know if it is still not possible to use spatio-temporal source reconstructed data in ft_sourcestatistics and ft_sourcegrandaverage ?</div>


<div><br></div><div>Or if any have succeeded in using the cluster-based permutation test on source level also including the temporal dimension ? </div><div><br></div><div>Alternative I was thinking that I might could use ft_timelockstatistics, where I substituted the channels with sources, e.g instead of having 64 channels, I would now have 4050 "channels". </div>


<div>If so I need to calculate a label structure and an appropriate neighbor structure, which I guess is possible as I have all the 3D coordinates for each source, e.g in leadfield.pos ?</div><div>I know this is a work around solution, but have anyone tried or have any experience using such an approach ? </div>


<div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Nicolai</div><div><br></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>