<div dir="ltr"><div>Hi Arjen,<br><br></div>Thanks for your message; I did indeed re-align to Talairach after reslicing, although I can't be sure it was "correct" (the page linked from the tutorial, <a href="http://neuroimage.usc.edu/brainstorm/CoordinateSystems">http://neuroimage.usc.edu/brainstorm/CoordinateSystems</a>, didn't give guidelines on how anterior/posteriorly to place the interhemispheric point, so I just placed it near the top of the head on about the same plane as the commisures). But it wasn't until the end of the anatomical processing that I noticed the issue, so I'm wondering if there's a way to re-align the source space and volume conduction model to each other without going back to the beginning of the pipeline.<br>
<br>Best,<br>Steve<br><div><div><br><br>> Message: 1<br>> Date: Fri, 31 May 2013 08:11:23 +0200 (CEST)<br>> From: "Stolk, A." <<a href="mailto:a.stolk@fcdonders.ru.nl">a.stolk@fcdonders.ru.nl</a>><br>
> To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>> Subject: Re: [FieldTrip] Question about minimum norm estimate pipeline<br>> Message-ID:<br>>         <<a href="mailto:1914237354.1292588.1369980683984.JavaMail.root@sculptor.zimbra.ru.nl">1914237354.1292588.1369980683984.JavaMail.root@sculptor.zimbra.ru.nl</a>><br>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>><br>> Hi Steve, A quick guess; did you correctly align your resliced mri to Talairach space by indicating the commissures ( <a href="http://imaging.mrc-cbu.cam.ac.uk/imaging/FindingCommissures">http://imaging.mrc-cbu.cam.ac.uk/imaging/FindingCommissures</a> ) and, if I'm correct, a point in the same place, e.g. between the hemispheres? This should update the transformation matrix. Best regards, Arjen ----- Oorspronkelijk bericht -----<br>
> > Van: "Stephen Politzer-Ahles" <<a href="mailto:politzerahless@gmail.com">politzerahless@gmail.com</a>><br>> > Aan: <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>> > Verzonden: Vrijdag 31 mei 2013 05:53:45<br>
> > Onderwerp: [FieldTrip] Question about minimum norm estimate pipeline<br>> > Hello all,<br>> > I have not yet gotten a response to my question below, but in the<br>> > meantime I have another question about the minimum norm estimate<br>
> > workflow--specifically, about the coordinate system for the<br>> > skull-stripped anatomy in the step described at<br>> > <a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/tutorial/minimumnormestimate#preprocessing_of_the_anatomical_mrisave_to_disk">http://fieldtrip.fcdonders.nl/tutorial/minimumnormestimate#preprocessing_of_the_anatomical_mrisave_to_disk</a><br>
> > . I'm confused by the following bit of code:<br>> > % ensure that the skull-stripped anatomy is expressed in the same<br>> > coordinate system as the anatomy<br>> > seg.transform = mri_tal.transform;<br>
> > In my data, mri_tal.coordsys is 'spm' (I presume this is the result of<br>> > re-aligning to Talairach in the previous step?) whereas seg.coordsys<br>> > is 'ctf' (as a result of re-aligning to CTF several steps earlier).<br>
> > (But mri_tal also has a field mri_tal.transformorig, which seg does<br>> > not have.) So should I really be using the same transform for both, as<br>> > shown in the tutorial?<br>> > Apologies if this question is pretty basic; I'm just trying to<br>
> > pinpoint where the mis-alignment described in my message below<br>> > occurred, so I want to make sure I understand each step of the<br>> > workflow correctly<br>> > Best,<br>> > Steve<br>
> > > Message: 1<br>> > > Date: Sat, 25 May 2013 08:11:18 -0500<br>> > > From: Stephen Politzer-Ahles < <a href="mailto:politzerahless@gmail.com">politzerahless@gmail.com</a> ><br>> > > To: <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
> > > Subject: [FieldTrip] Sourcespace and volume conductor misaligned<br>> > > Message-ID:<br>> > > <CAJT2k_9-hd_sM=hp4P-CUu+=aduSOMyZV7XPG0= <a href="mailto:fFk0ouR0wzA@mail.gmail.com">fFk0ouR0wzA@mail.gmail.com</a><br>
> > > ><br>> > > Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>> > ><br>> > > Hello all,<br>> > ><br>> > > I am going through the workflow at<br>> > > <a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/tutorial/minimumnormestimate">http://fieldtrip.fcdonders.nl/tutorial/minimumnormestimate</a> . After<br>
> > > making<br>> > > the volume conduction model using ft_prepare_headmodel(), I noticed<br>> > > that<br>> > > although the volume conduction model and sourcespace have the same<br>> > > orientation and overall size/shape (after I converted the volume<br>
> > > conduction<br>> > > model to cm, which wasn't in the tutorial but my original model came<br>> > > out in<br>> > > mm), they don't quite line up, as you can see in this figure:<br>
> > ><br>> > > <a href="http://i.imgur.com/mGEtLOa.png">http://i.imgur.com/mGEtLOa.png</a><br>> > ><br>> > > I did interactively re-align the data to CTF (twice--in step 2 of<br>> > > "Preprocessing of the anatomical MRI" and in step 4 of "Source<br>
> > > model")<br>> > > using fiducials, and to Talairach (step 5 of "Preprocessing of the<br>> > > anatomical data"), so I'm not sure how it ended up this way. The<br>> > > code I've<br>
> > > used at each step is basically the same as that in the tutorial.<br>> > ><br>> > > Is there any way to line up my volume conduction model and<br>> > > sourcespace now,<br>> > > without going back and re-running most of the workflow?<br>
> > ><br>> > > Best,<br>> > > Steve<br>> > ><br>> > > --<br>> > > Stephen Politzer-Ahles<br>> > > University of Kansas<br>> > > Linguistics Department<br>
> > > <a href="http://people.ku.edu/~sjpa/">http://people.ku.edu/~sjpa/</a></div></div></div>