<font face="'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'"><font size="3">I'm <font size="3">re-sending this, becasue <font size="3">searching at the </font></font></font></font><font face="'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'"><font size="3">fieldtrip archives, I've noti<font size="3">ce that my message was scrubbed...<br><br></font></font></font><font face="'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'"><font size="3"><br></font></font><font face="'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'"><font size="3">Dear Fieltrip experts,<br><br>I  have my continuous data imported to fieldtrip with matlab, I'm looking  for performing connectivity analysis between pairs of sensors, I have  succed as:<br>data.trials {1xNepochs}; % <font size="3">N</font>epochs = 7, each epoch with 59 channels and 2000 samples<br>data.label {59x1};<br>data.time {1xNepochs};<br><br>then, calculate only the FFT of all sensors as:<br>cfg=[];<br>cfg.output='fourier';<br>cfg.method='mtmfft';<br>cfg.taper='hanning';<br>cfg.foilim=[8.5 9.5];<br>cfg.tapsmofrq=0;<br>cfg.trials='all';<br>cfg.keeptrials='yes';<br>cfg.channel='all';<br>fourier=ft_freqanalysis(cfg, data)<br>as output I get:<br>dimord = 'rpttap_chan_freq'<br>freq= [1x9]<br>fourierspctrm=[7x59x9 double]<br><br>Then compute the ima<font size="3">ginary part of coherency as:<br><font size="3">cfg=[];<br><font size="3">cfg.method ='cohe'</font>;<br><font size="3">cfg.complex='imag';<br><font size="3">cfg.channelc<font size="3">bm={'all'</font></font> 'all'};<br></font></font></font></font></font>coher = ft_connect<font size="3">iv<font size="3">ityanalysis </font></font>(cfg, fourier)<br><font size="3">as output get: <br><font size="3">dimord='chan_chan_freq';<br><font size="3"><font size="3">cohspctrm=[59x59x9 double]</font></font>;<br><font size="3">dof=7;</font><br></font></font><br><font size="4">I have two main questions:</font><br><br><font size="4">A)  As you see, this makes an average over the epochs of each channel, and  not over the samples (which in this case are the 9 frequencies of the  FFT), And I would like to have the op</font><font size="3"><font size="4">posite, </font><font size="3"><font size="4">t<font size="4">his is, to</font> get the </font><font size="3"><font size="4">imaginary part of coherence for each epoch (repeti<font size="4">t</font>ion) on all my channels and not for each frequency, som<font size="4">ething like: chan_chan_rpt or chancbm_rpt</font>, </font><font size="3"><font size="4">Is this possible?</font><br><br><br><br><font size="4">B)  Another question I have is: for the Imaginary part of Coherence is not  necessary to compute the cross-spectrum with 'powandcsd', only the FFT,  but for the PLV, PPC or WPLI is that way too?</font><br><br><br><br>Many thanks in advanced,<br><font size="3">Gabriel.</font></font></font></font></font>