<div dir="ltr"><div><div><div>Hello Fieldtrippers!<br><br></div>This is my first post ever and I just want to say thank you to everyone for promoting such a vibrant and supportive intellectual community.<br><br></div>I have an issue which seems so simple but I am somewhat stymied by: using fieldtrip to accomplish the coregistration. The main points of my code are:<br>

<br>mri = ft_read_mri( );<br><br>mri = ft_volumerealign(cfg, mri);           % Mark fiducials<br><br>mrireslice = ft_volumereslice(cfg,mri);  %To apply the resultant transformation matrix<br><br>segmentedmri  = ft_volumesegment(cfg, mrireslice);<br>

<br><br><br></div><div>First, if I skip the reslice step, everything works fine. However, if I do the reslice and then try to segment, spm_preproc tries to create a 1.8 Tb array. Although it bravely tries, my 24 Gb of RAM inevitably fails. The analogous array for the unsliced mri is 2Mb. <br>

<br></div><div>I found this confusing as the quantity of information in the resliced image is the exact same. I traced through all the coding and the computation that fails is based on the transformation matrix of the MRI which, of course, changes with the reslicing. I am happy to provide details of that but won't at the moment. <br>

<br></div><div>My question, has anyone else encountered this or developed a workaround? <br></div><div><br></div><div>Very much appreciated,<br><br></div><div>Jesse<br></div><div>British Columbia Mental Health and Research Institute<br>

</div><div><br><br></div></div>