<div dir="ltr"><div><div><div><div>Dear experts,<br><br>I was using manual selection of the fiducials in
 order to get the affine transformation of the MRI T1 image to the MEG 
sensor space.<br></div></div></div>Now, I have decided to use freesurfer for 
obtaining the head surface and some function for performing an automatic
 corregistration from head surface to fiducials (and polhemus 
information), in order to avoid manual selection of the fiducials for each subject.<br><br>So I already have one affine transformation (Aff_1)<br><br></div><div>I loaded the MRI T1 volume (mri = ft_read_mri(T1.nii)), I change the mri.transform to mri.transform*Aff_1, but when I plot the results (ft_determine_coordsys) I got what is in the attached snapshot.<br>
</div><div><br>Could you please give me any advice to solve this?<br><br>Thanks<br><br></div>cheers <br><br>Jose<br><br><img alt="Imágenes integradas 1" src="cid:ii_13e4326c54b50323"><br clear="all"><br>-- <br><div style="background-color:transparent">
<p style="font-family:Times;font-size:medium;text-align:justify;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-family:Arial;font-size:12px;white-space:pre-wrap">José Angel Pineda Pardo</span></p><p style="font-family:Times;font-size:medium;text-align:justify;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt">
<span style="font-family:Arial;font-size:12px;white-space:pre-wrap">Center of Biomedical Technology (CTB)</span></p><p style="font-family:Times;font-size:medium;text-align:justify;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-size:9pt;font-family:Arial;color:rgb(0,0,0);background-color:transparent;font-weight:normal;font-style:normal;text-decoration:none;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">Parque Científico y Tecnológico de la UPM</span></p>
<p style="font-family:Times;font-size:medium;text-align:justify;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-size:9pt;font-family:Arial;color:rgb(0,0,0);background-color:transparent;font-weight:normal;font-style:normal;text-decoration:none;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">Campus de Montegancedo</span></p>
<p style="font-family:Times;font-size:medium;text-align:justify;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-size:9pt;font-family:Arial;color:rgb(0,0,0);background-color:transparent;font-weight:normal;font-style:normal;text-decoration:none;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap">28223 Pozuelo de Alarcón, Madrid, ES</span></p>
</div>
</div>