<div dir="ltr">Hi Bethel,<div><br></div><div style>Removing a component with ICA will reduce the rank (number linear independent components) of your data.  The covariance matrix itself probably can be computed, but I suspect the warning you are getting is when you are computing the inverse.   The inverse of a rank-deficient matrix cannot be computed (and so the warnings you get are expected).    </div>

<div style><br></div><div style>Regularisation (e.g. adding some 'noise' to the diagonal of the covariance matrix, roughly equal to the amount of estimated sensor noise) prior to inversion is the common way around this problem.   In FieldTrip, this is cfg.lambda when calling ft_sourceanalysis, which you can set to a percentage, for example '5%' is common, of the trace of the covariance matrix.</div>

<div style><br></div><div style>Best,</div><div style>Johanna</div><div style><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2013/4/23 Bethel Osuagwu <span dir="ltr"><<a href="mailto:b.osuagwu.1@research.gla.ac.uk" target="_blank">b.osuagwu.1@research.gla.ac.uk</a>></span><br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Everyone,<br>
<br>
I want to ask a general mathematical question relating to ICA and common spatial pattern. Hopefully someone will help me out.<br>
<br>
I have noticed that after using ICA to remove artifact in my signal, I can no longer compute the covariance matrices needed for common spatial pattern without matlab giving me warning regarding the accuracy of the estimated matrix. Indeed the estimated matrix is not accurate. This does not happen if I use only a small subset of my channels after removing noise with ICA.  If I do not use ICA at all the warning disappears.<br>


<br>
I want to ask if anybody knows why ICA causes this issue and how I can fix it.<br>
<br>
Thanks a lot.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888">Bethel Osuagwu<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>