<div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>Does anyone has experience with using FieldTrip for looking at sources generated using the Loreta-key program? I've generated sLoreta files and read them into FieldTrip using loreta2fieldtrip as described <a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/integrating_with_loreta?s[]=loreta">on the FieldTrip wiki</a>. </div>
<div>Note, I first got an "Invalid precision" error from fread due to line 89: activity = fread(fid, [voxnumber 1], 'float = >single'); But after I changed this line to: activity = fread(fid, [voxnumber 1]); it worked. </div>
<div><br></div><div style>But now I'd like to plot this on an anatomical MRI since without anatomy it looks hard to interpret (see attached). The source should be in MNI space (see <a href="http://www.uzh.ch/keyinst/NewLORETA/sLORETA/08Slor.html">info on loreta-key page</a>), so I tried using the T1.nii template from SPM (that's in MNI space, correct?:</div>
<div style><br></div><div style><div>%read in template MRI (MNI)</div><div>    template = ft_read_mri('C:\Users\Ingrid\Documents\MATLAB\FieldTrip\external\spm8\templates\T1.nii');</div><div>    template.coordsys = 'spm'; % so that FieldTrip knows how to interpret the coordinate system</div>
<div><br></div><div>    % interpolate</div><div>    cfg = [];</div><div>    cfg.parameter = 'avg.pow';</div><div>    [interp] = ft_sourceinterpolate(cfg, GA_source, template);</div><div>    </div><div>    %sourceplot</div>
<div>    cfg = [];</div><div>    cfg.method = 'ortho';</div><div>    cfg.funparameter = 'avg.pow';</div><div>    cfg.coordsys      = 'mni';</div><div>    ft_sourceplot(cfg,interp);</div></div><div>
<br></div><div style>But that doesn't work (see capture2). I'm a bit lost now... Anyone any ideas? Maybe I should use the "mni152" template. since that is what the loreta website says it's based on. Anyone know where to get that template in a format FieldTrip can read? </div>
<div style><br></div><div style>So in short:</div><div style>1) has anyone done this before and has tips / code to share?</div><div style>2) is the T1.nii template from SPM in MNI space?</div><div style>3) do you think the mni152 is different from T1.nii, and would work? if so anyone know where to get it in format FieldTrip can read?</div>
<div style>4) am I missing something in steps explaining why my source does not match the anatomy?</div><div style><br></div><div style>Thanks!</div><div style>Ingrid</div><div><br><div dir="ltr"><div>-- </div><div>Ingrid Nieuwenhuis PhD</div>
<div>Postdoctoral Fellow</div><div>Sleep and Neuroimaging Laboratory</div><div>Department of Psychology</div><div>University of California, Berkeley</div><div>California 94720-1650</div><div>Tolman Hall, room 5305 </div></div>

</div></div>