<div dir="ltr"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">Hi Jorn,<br></blockquote><div>          Thanks for your response . It is Within subjects experiments  design. The result remains same because the design doesn't change . They are only  just different expression on the source statistic comparing to sensor statistic on group level on FT tutorial. </div>
<div>       In my data, the cluster randomization picks something funny and doesn't make sense while  the difference plots  is more informative and more consistent with the topos. Technically speaking - the cluster randomization does not test for location , but only if there is a difference or not - thus the clusters should be interpreted with caution.  Therefore  ,  I think about trying another statistic method as well although  cluster randomization is wildly used within donders institute .  Do you have any suggestion? </div>
<div style>                                               Best,</div><div style>                                               Haiteng</div><div>                                                               </div><div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">On 19 April 2013 11:35,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl" target="_blank">fieldtrip-request@science.ru.nl</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
Send fieldtrip mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:fieldtrip-request@science.ru.nl">fieldtrip-request@science.ru.nl</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:fieldtrip-owner@science.ru.nl">fieldtrip-owner@science.ru.nl</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of fieldtrip digest..."<br>
<br>
<br>
</blockquote><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">Today's Topics:<br>
<br>
   1. Re: Source statistic doesn't match grand average difference<br>
      at all and prior knowledge (J?rn M. Horschig)<br>
<br><br></blockquote><div style><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Fri, 19 Apr 2013 11:35:44 +0200<br>
From: "J?rn M. Horschig" <<a href="mailto:jm.horschig@donders.ru.nl">jm.horschig@donders.ru.nl</a>><br>
To: FieldTrip discussion list <<a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a>><br>
Subject: Re: [FieldTrip] Source statistic doesn't match grand average<br>
        difference at all and prior knowledge<br>
Message-ID: <<a href="mailto:51710FF0.5040904@donders.ru.nl">51710FF0.5040904@donders.ru.nl</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"; Format="flowed"<br>
<br>
Dear Haiteng,<br>
<br>
I think in the example the design matrix is wrongly computed. If you<br>
compare the single and the group-level example, it is described exactly<br>
the same, which does not make much sense. Afaik it should be this<br>
instead (analogue to freq statisics on group level):<br>
<br>
/subj = numel(sourceA.trial);<br>
design = zeros(2,2*subj);<br>
for i = 1:subj<br>
   design(1,i) = i;<br>
end<br>
for i = 1:subj<br>
   design(1,subj+i) = i;<br>
end<br>
design(2,1:subj)        = 1;<br>
design(2,subj+1:2*subj) = 2;<br>
/<br>
Let me know if this makes things better (not in today, working from<br>
home, so better reply to this lis).<br>
<br>
Best,<br>
J?rn<br>
<br>
On 4/19/2013 10:25 AM, Haiteng Jiang wrote:<br>
> Hi FTer,<br>
>    I am  doing Cluster-based permutation statistic  after<br>
> beamforming on two condition over subjects following the tutorial<br>
> <a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/example/source_statistics" target="_blank">http://fieldtrip.fcdonders.nl/example/source_statistics</a>, but I get<br>
> something funny.<br>
>  In my case , I would expect decreased activity in  the visual and<br>
> posterior area.  The effect is quite strong, which  is showed in the<br>
> grand average  difference (log ratio to reduce inter subject<br>
> variability).  However ,  from the statistic ,  the identified areas<br>
> go to  the temporal area , which doesn't make sense at all .   Please<br>
> see the below and attached  pictures.    I understand cluster-based<br>
> permutation  test doesn't necessary pick the peak difference, but  in<br>
> general it should find main different area.  Any comment would be<br>
> greatly appreciated.<br>
><br>
> Average:<br>
><br>
> Inline images 2<br>
><br>
><br>
><br>
> Statistic:<br>
> Inline images 1<br>
>                Best,<br>
>                Haiteng<br>
><br>
> --<br>
> Haiteng Jiang<br>
> PhD candidate<br>
> Neuronal Oscillations Group<br>
> Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour<br>
> Centre for Cognitive Neuroimaging<br>
> Radboud University Nijmegen<br>
><br>
> Visiting address<br>
> Room 2.32<br>
> Donders Centre for Cognitive Neuroimaging<br>
> Kapittelweg 29<br>
> 6525 EN  Nijmegen<br>
> the Netherlands<br>
><br>
>  Tel.: <a href="tel:%2B31%20%280%29243668291" value="+31243668291">+31 (0)243668291</a><br>
>  Web: <a href="https://sites.google.com/site/haitengjiang/" target="_blank">https://sites.google.com/site/haitengjiang/</a><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> fieldtrip mailing list<br>
> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<br>
<br>
--<br>
J?rn M. Horschig<br>
PhD Student<br>
Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour<br>
Centre for Cognitive Neuroimaging<br>
Radboud University Nijmegen<br>
Neuronal Oscillations Group<br>
FieldTrip Development Team<br>
<br>
P.O. Box 9101<br>
NL-6500 HB Nijmegen<br>
The Netherlands<br>
<br>
Contact:<br>
E-Mail: <a href="mailto:jm.horschig@donders.ru.nl">jm.horschig@donders.ru.nl</a><br>
Tel:    <a href="tel:%2B31-%280%2924-36-68493" value="+31243668493">+31-(0)24-36-68493</a><br>
Web: <a href="http://www.ru.nl/donders" target="_blank">http://www.ru.nl/donders</a><br>
<br>
Visiting address:<br>
Trigon, room 2.30<br>
Kapittelweg 29<br>
NL-6525 EN Nijmegen<br>
The Netherlands<br>
<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130419/68633f28/attachment.html" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130419/68633f28/attachment.html</a>><br>

-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: not available<br>
Type: image/jpeg<br>
Size: 119056 bytes<br>
Desc: not available<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130419/68633f28/attachment.jpe" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130419/68633f28/attachment.jpe</a>><br>

-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: not available<br>
Type: image/jpeg<br>
Size: 128261 bytes<br>
Desc: not available<br>
URL: <<a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130419/68633f28/attachment-0001.jpe" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/attachments/20130419/68633f28/attachment-0001.jpe</a>><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<br>
End of fieldtrip Digest, Vol 29, Issue 36<br>
*****************************************<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Haiteng Jiang</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">PhD candidate</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Neuronal Oscillations Group</font></div>
<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Centre for Cognitive Neuroimaging</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Radboud University Nijmegen</font></div>
<div><span style="line-height:18px;background-color:rgb(255,255,255)"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></span></div><div><span style="line-height:18px;background-color:rgb(255,255,255)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Visiting address</font></span></div>
<div><div style="text-align:left;background-color:rgb(255,255,255)"><div><span style="line-height:18px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Room 2.32</font></span></div><div><span style="line-height:18px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Donders Centre for Cognitive Neuroimaging</font></span></div>
<div><span style="line-height:18px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Kapittelweg 29</font></span></div><div><span style="line-height:18px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">6525 EN  Nijmegen</font></span></div>
<div><span style="line-height:18px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">the Netherlands</font></span></div><div><span style="line-height:18px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></span></div></div>
</div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"> Tel.: +31 (0)243668291</font></div></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"> Web:  <a href="https://sites.google.com/site/haitengjiang/" target="_blank">https://sites.google.com/site/haitengjiang/</a></font></div>

</div></div>