<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=iso-8859-1"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Dear Ingrid,<div><br></div><div>in addition to Jorn's approach since you don't have MR and digitized elec position's you can load and realign the electrodes to the standard bem. Subsequently you can calculate the lead field and  continue with your analysis pipeline.</div><div>Good luck</div><div>tzvetan</div><div><div style="margin: 0px; font-size: 9px; font-family: Courier; color: rgb(37, 153, 45); ">%% read electrodes</div><div style="margin: 0px; font-size: 9px; font-family: Courier; color: rgb(178, 69, 243); "><span style="color: #000000">elec = ft_read_sens(</span>'/your path/fieldtrip-20130324/template/electrode/GSN-HydroCel-128.sfp'<span style="color: #000000">);</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 9px; font-family: Courier; color: rgb(37, 153, 45); ">%% read  headmodel</div><div style="margin: 0px; font-size: 9px; font-family: Courier; color: rgb(178, 69, 243); "><span style="color: #000000">templateheadmodel = </span>'/your path/fieldtrip-20130324/template/headmodel/standard_bem.mat'<span style="color: #000000">;</span></div><div style="margin: 0px; font-size: 9px; font-family: Courier; ">load(templateheadmodel);</div><div style="margin: 0px; font-size: 9px; font-family: Courier; color: rgb(37, 153, 45); ">%% electrode realign as good as possible</div><div style="margin: 0px; font-size: 9px; font-family: Courier; color: rgb(37, 153, 45); ">% i.e. translate 0 -2 1.5</div><div style="margin: 0px; font-size: 9px; font-family: Courier; ">cfg=[];</div><div style="margin: 0px; font-size: 9px; font-family: Courier; ">cfg.method = <span style="color: #b245f3">'interactive'</span>;</div><div style="margin: 0px; font-size: 9px; font-family: Courier; ">cfg.elec = elec;</div><div style="margin: 0px; font-size: 9px; font-family: Courier; ">cfg.headshape = vol.bnd(1).pnt;</div><div style="margin: 0px; font-size: 9px; font-family: Courier; ">elecR = ft_electroderealign(cfg);</div><div style="margin: 0px; font-size: 9px; font-family: Courier; color: rgb(37, 153, 45); ">%% verify how the electrodes fit toghether with the brain volume</div><div style="margin: 0px; font-size: 9px; font-family: Courier; ">cfg=[];</div><div style="margin: 0px; font-size: 9px; font-family: Courier; ">cfg.method = <span style="color: #b245f3">'interactive'</span>;</div><div style="margin: 0px; font-size: 9px; font-family: Courier; ">cfg.elec = elecR;</div><div style="margin: 0px; font-size: 9px; font-family: Courier; ">cfg.headshape = vol.bnd(3).pnt;</div><div style="margin: 0px; font-size: 9px; font-family: Courier; ">elecR = ft_electroderealign(cfg);</div></div><div><br></div><div><div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">
  
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
  
  <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    <div class="moz-cite-prefix">Hi Ingrid,<br>
      <br>
      I just happen to done this a few weeks back, I changed things in
      the meanwhile, but I hope that the below steps are complete:<br>
      <i><small>% read in the template MRI<br>
              if isunix<br>
                mri =
ft_read_mri('/home/common/matlab/fieldtrip/external/spm8/templates/T1.nii');<br>
              elseif ispc<br>
                mri = ft_read_mri(fullfile('M:', 'FieldTrip', 'trunk',
          'external', 'spm8', 'templates', 'T1.nii'));<br>
              end<br>
          <br>
          <br>
          % segment the MRI<br>
          cfg           = [];<br>
          cfg.output    = {'brain'  'skull'  'scalp'};<br>
          segmentedmri  = ft_volumesegment(cfg, mris);<br>
          <br>
          <br>
          % create the headmodel (BEM)<br>
          cfg        = [];<br>
          %cfg.method ='openmeeg'; % TODO FIXME download openmeeg<br>
          if isunix<br>
            cfg.method ='dipoli'; % dipoli only works under linux<br>
          else<br>
            disp('TODO FIXME stick to dipoli for now or download
          openmeeg\n');<br>
            keyboard;<br>
          end<br>
          hdm        = ft_prepare_headmodel(cfg, segmentedmri);<br>
          <br>
          elec       = ft_read_sens('standard_1020.elc');<br>
          hdm        = ft_convert_units(hdm, elec.unit);<br>
          <br>
            cfg = [];<br>
            cfg.grid.xgrid  = -125:8:125; <br>
            cfg.grid.ygrid  = -125:8:125; <br>
            cfg.grid.zgrid  = -125:8:125;<br>
            cfg.grid.tight  = 'yes'; <br>
            cfg.grid.unit   = hdm.unit;<br>
            cfg.inwardshift = -1.5;<br>
            cfg.vol        = hdm;<br>
            grid  = ft_prepare_sourcemodel(cfg)<br>
            grid        = ft_convert_units(grid, elec.unit);<br>
          <br>
          figure;<br>
          hold on;<br>
          ft_plot_mesh(hdm.bnd(1), 'facecolor',[0.2 0.2 0.2],
          'facealpha', 0.3, 'edgecolor', [1 1 1], 'edgealpha', 0.05);<br>
          ft_plot_mesh(grid.pos(grid.inside, :));<br>
          <br>
          % this step is not necessary, cause you will see that
          everything is already aligned<br>
            cfg           = [];<br>
            cfg.method    = 'interactive';<br>
            cfg.elec      = elec;<br>
            cfg.headshape = hdm.bnd(1);<br>
            tmp  = ft_electroderealign(cfg);<br>
            elec = tmp; % I had a bug here that I couldn't assign elec
          directly<br>
          <br>
          %% verify location of occipital electrodes<br>
          <br>
          occ_elec = elec;<br>
          occ_chan = ft_channelselection({'O*', 'PO*', 'Cz*', 'Fz*'},
          elec.label);<br>
          occ_idx = match_str(elec.label, occ_chan);<br>
          occ_elec.chanpos = occ_elec.chanpos(occ_idx, :);<br>
          occ_elec.elecpos = occ_elec.elecpos(occ_idx, :);<br>
          occ_elec.label = occ_elec.label(occ_idx, :);<br>
          figure;<br>
          ft_plot_sens(occ_elec)<br>
          hold on;<br>
          ft_plot_vol(ft_convert_units(hdm, elec.unit))</small></i><br>
      <br>
      <br>
      Afair, that's all that is needed. Of course you need to adjust
      folder and file names.<br>
      <br>
      Greetings<br>
      Jörn<br>
      <br>
      On 4/9/2013 2:04 AM, Ingrid Nieuwenhuis wrote:<br>
    </div>
    <blockquote cite="mid:51635B04.7090004@berkeley.edu" type="cite">Hi
      all,
      <br>
      <br>
      I'd like to do source analysis (loreta and or DICS) on my EEG
      data. I don't have anatomical MRIs and I don't have a measurement
      of the scalp surface. So I'd like to use a template MRI or a
      template head model that is located in the FieldTrip template
      directory. I have EGI (128 channels) data and electrode positions
      (not subject specific, just the standard file also available in
      FieldTrip electrode template, GSN-HydroCel-128.sfp), but I'm kind
      of stuck how to start. I don't see any examples on the FieldTrip
      page of how to make a headmodel and volume conduction model giving
      only this limited data. I'd be happy to make it into a example
      Matlab script on the FieldTrip page after I got it to work. Would
      someone be able to give me some pointers, or example code?
      <br>
      <br>
      Thanks a lot!
      <br>
      Ingrid
      <br>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Jörn M. Horschig
PhD Student
Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour 
Centre for Cognitive Neuroimaging
Radboud University Nijmegen 
Neuronal Oscillations Group
FieldTrip Development Team

P.O. Box 9101
NL-6500 HB Nijmegen
The Netherlands

Contact:
E-Mail: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:jm.horschig@donders.ru.nl">jm.horschig@donders.ru.nl</a>
Tel:    +31-(0)24-36-68493
Web: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.ru.nl/donders">http://www.ru.nl/donders</a>

Visiting address:
Trigon, room 2.30
Kapittelweg 29
NL-6525 EN Nijmegen
The Netherlands</pre>
  </div>

_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</blockquote></div><br><div apple-content-edited="true">
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; border-spacing: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; -webkit-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>*******************************************</div><div>Tzvetan Popov  </div><div>Clinical Psychology       </div><div>University of Konstanz</div><div>Box 23</div><div>78457 Konstanz, GERMANY</div><div>Phone: 0049-7531-883086</div><div>Fax:      0049-7531-884601</div><div>Email:  <a href="mailto:tzvetan.popov@uni-konstanz.de">tzvetan.popov@uni-konstanz.de</a></div></div>*******************************************</span></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br></div></body></html>