Thanks Nathan!<br>Sorry I am not a frequent FieldTrip user and not sure how a data stutructure should look like after ft_preprocessing.<br><br>I have two time-series for two virtual electrodes; the time-series were calculated by CTF SAM (synthetic aperture magnetometry), and then extracted and converted into a text file (and Excel if needed).<br>
<br>Now I want to use the weighted Phase Lag Index (wPLI) and compare these two time-series for any coupling. My understanding is that the input for this function should be a cross-spertal density matrix?<br> <br>I tried to follow the steps you suggested with the CTF dataset that includes both the original data and the two time-series but got stuck on ft-freqanalysis as it requires lots of inputs I am not knowledgeable about, plus it still works with the whole dataset instead of just two time-series that I am interested in.<br>
<br>Is there a short-cut for CTF SAM output dataset?<br><br>Thanks!<br>Inna<br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 14, 2013 at 4:22 PM, Nathan Weisz <span dir="ltr"><<a href="mailto:nathanweisz@mac.com" target="_blank">nathanweisz@mac.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Hi inna,<div><br></div><div>never used this method, but repetitions means you need single trials (it's not an averaged time-series you are talking about, right?).</div>
<div><br></div><div>here some suggestions:</div><div><ul><li>when importing your data from Excel (how did that happen? :-)) into matlab, make a data structure that looks like one following ft_preprocessing. </li><li>then run ft_freqanalysis with output "powandcsd" and keeptrials "yes" as options (and other options of course). this is at least what i assume after looking ft_connectivityanalysis</li>
<li>then enter the structure which results from your former step into ft_connectivityanalysis with method specified as "wpli_debiased"</li></ul></div><div>perhaps wpli-experts want to correct me if i got something wrong.</div>
<div><br></div><div>good luck,</div><div>n</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br><div><div><div class="h5"><div>On 14.03.2013, at 20:41, McGowin, Inna wrote:</div><br></div></div><blockquote type="cite">
<div><div class="h5">Hello fieldtrippers!<br><br>I would like to calculate wPLI (weighted phase lag index) for two time-series (created by a beamformer). <br>It's described here: <a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/reference/ft_connectivity_wpli" target="_blank">http://fieldtrip.fcdonders.nl/reference/ft_connectivity_wpli</a><br>

What do <b>repetitions </b>mean in input argument for the function?<br><br>I have the data in a text or Excel format that I could import into Matlab directly: <br>1st column is time, <br>2nd column is 1st source intensities and <br>

3rd column is 2nd source intensities.<br><br>Assuming I get my input data in the correct format, is this a correct line to call the function (I need a debiased wPLI)?<br><pre><font size="4">[wpi, v, n] = ft_connectivity_wpli(input, debias 1)<br>

</font><br><font size="4">Thanks</font>,<br></pre>Inna<br></div></div>
_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br><a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></blockquote>
</div><br></div></div><br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Inna McGowin<br>