Dear Fieldtripers<br><br>I am having some errors when running recent fieldtrip releases while calling ft_volumesegment that I don't have with former  fieldtrip version, following what I get: <br><b>with fieldtrip fieldtrip-20111024 </b><br>
<br> cfg = [];<br><a href="http://cfg.name">cfg.name</a>     = 'ctf';<br>cfg.output= { 'tpm'  }; <br>segmentedmri = ft_volumesegment(cfg, mri);<br><br>Warning: adding D:\SOPHIE\Software\fieldtrip-20111024\external\spm8 toolbox to your Matlab path <br>
<br>the input is volume data with dimensions [256 256 256]<br>Converting the coordinate system from ctf to spm<br>performing the segmentation on the specified volume<br>segmentedmri = <br>          dim: [256 256 256]<br>    transform: [4x4 double]<br>
     coordsys: 'ctf'<br>         unit: 'mm'<br>         gray: [256x256x256 double]<br>        white: [256x256x256 double]<br>          csf: [256x256x256 double]<br>          cfg: [1x1 struct]<br><br><b>with fieldtrip 'fieldtrip-20121203' <br>
</b><br>>> cfg = [];<br><a href="http://cfg.name">cfg.name</a>     = 'ctf';<br>cfg.write      = 'no';<br>cfg.output= {  'tpm'   }; <br>segmentedmri = ft_volumesegment(cfg, mri);<br><br>Warning: FieldTrip is not yet on your MATLAB path, adding D:\\SOPHIE\\Software\\fieldtrip-20121203(1)\\fieldtrip-20121203 <br>
> In ft_defaults at 60<br>  In ft_volumesegment at 130 <br>the input is volume data with dimensions [256 256 256]<br>Converting the coordinate system from ctf to spm<br>Rescaling NIFTI: slope = 0.00342945, intercept = 0<br>
Smoothing by 0 & 8mm..<br>Coarse Affine Registration..<br>Fine Affine Registration..<br>Error using ft_write_mri (line 128)<br>unsupported data format<br>Error in ft_volumesegment (line 274)<br>  Va = ft_write_mri([<a href="http://cfg.name">cfg.name</a>,'.img'], mri.anatomy, 'transform', mri.transform, 'spmversion', cfg.spmversion); <b><br>
<br><br>and 'fieldtrip-20130210</b>'<br><br>cfg = [];<br><a href="http://cfg.name">cfg.name</a>     = 'ctf';<br>cfg.write      = 'no';<br>cfg.output= {  'tpm'   }; <br>segmentedmri = ft_volumesegment(cfg, mri);<br>
<br>the input is volume data with dimensions [256 256 256]<br><br>Warning: adding D:\SOPHIE\Software\fieldtrip-20130210\fieldtrip-20130210\external\spm8 toolbox to your Matlab path <br><br>Converting the coordinate system from ctf to spm<br>
<br>Warning: adding D:\SOPHIE\Software\fieldtrip-20130210\fieldtrip-20130210\external\freesurfer toolbox to your Matlab path <br><br>Rescaling NIFTI: slope = 0.00342945, intercept = 0<br>Smoothing by 0 & 8mm..<br>Coarse Affine Registration..<br>
Fine Affine Registration..<br>Warning: could not open ctf.img <br>> In fileio\private\warning_once at 116<br>  In fileio\private\filetype_check_header at 54<br>  In ft_filetype at 338<br>  In ft_write_mri at 54<br>  In ft_volumesegment at 282 <br>
Error using ft_write_mri (line 128)<br>unsupported data format<br>Error in ft_volumesegment (line 282)<br>  Va = ft_write_mri([<a href="http://cfg.name">cfg.name</a>,'.img'], mri.anatomy, 'transform', mri.transform, 'spmversion', cfg.spmversion); <br>
<br>Please help... :-)  it's not convenient to switch fieldtrip version while running scripts...<br>Thanks a lot!<br><br>cheers<br>Sophie<br>