<p>I guess you would need headshape points for the local spheres. Not sure if ft automatically creates a head surface from the segmented MRI.</p>
<p>Best</p>
<p>Stephan</p>
<div class="gmail_quote">El 05/02/2013 23:25, "Nugent, Allison C. (NIH/NIMH) [E]" <<a href="mailto:nugenta@mail.nih.gov">nugenta@mail.nih.gov</a>> escribió:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">






<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div>
<p class="MsoNormal">Hello, <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I have what is possibly a naïve question, but I can’t seem to find anything on the tutorial pages.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I’m trying to create a headmodel using the localspheres method, using the output of a segmented MRI.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">There is a tutorial page for using different types of headmodels, but it references ft_prepare_localspheres – which works, but it appears to have been deprecated.  When I try this:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">hdr=ft_read_header(‘mydata.ds’);<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">cfg=[];<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">cfg.method=’localspheres’;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">cfg.grad=hdr.grad;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">cfg.vol=segmented_mri;<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">vol=ft_prepare_headmodel(cfg, segmentedmri);<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I get an error at ft_getopt(cfg,’tissue’);<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Although the documentation for ft_prepare_headmodel states that the only additional field needed by localspheres is “cfg.grad” it seems that cfg.tissue may also be required?  If so, how do I set this – I can’t find any documentation that
 explains.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">I should note that I’ve run ft_prepare_headmodel successfully using a singleshell method.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Thanks,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Allison<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Allison Nugent, PhD<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">MRI Physicist<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Experimental Therapeutics and Pathophysiology Branch<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">NIMH/NIH/DHHS<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Ph. 301-451-8863<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><a href="mailto:nugenta@mail.nih.gov" target="_blank">nugenta@mail.nih.gov</a><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div>