
<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Jan-Mathijs,<div><br></div><div>That makes completely sense and you were right I used a vector beamformer. By taking only one orientation (cfg.fixedori='yes') I could solve the problem: Now the values are exactly the same.</div><div><br></div><div>Could it be that this 'problem' also exists for the example code in the 'Common Filters Beamformer Tutorial' (<a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/example/common_filters_in_beamforming">http://fieldtrip.fcdonders.nl/example/common_filters_in_beamforming</a>)? Should I include the line (cfg.fixedori='yes') also there?</div><div><br></div><div>Thanks a lot for your very helpful response,</div><div>Best,</div><div>Nadia</div><div><br></div><div><br><div><div>On Jan 18, 2013, at 4:40 PM, jan-mathijs schoffelen wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Nadia,<div><br></div><div>My guess here would be that you have used a vector beamformer (i.e. each of the common filters has size 3xM). Then, for each voxel the activity is computed by sandwiching the sensor level cross-spectral density matrix between the voxel's spatial filter: w'*C*w, which yields a 3x3 csd-matrix at the voxel level. Then, in order to get a single number as the power estimate for that voxel (and trial), some computation needs to be done. I believe that the default is to take the first singular value of this 3x3 matrix. Essentially, for each trial a PCA is performed, and the largest eigenvalue is taken to be the power. The PCA may yield a slightly different optimal orientation for each trial, and as a result the average across trials will be different from the first singular value estimated from the average-across-trials csd matrix.</div><div>If my guesses are incorrect (i.e. you didn't use a vector beamformer, OR the default is not to take the first singular value to represent the voxel power) then we need to dig into the FieldTrip-code.</div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div><br></div><div>Jan-Mathijs</div><div><br></div><div><br></div><div><br><div><div>On Jan 17, 2013, at 11:11 AM, Muller, Nadia wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Dear all,<div><br></div><div>I am trying to beam single trials into source space using a DICS filter and the following code.</div><div><br></div><div>cfg=[];</div><div>cfg.method='dics';</div><div>cfg.grid=grid_ind;</div><div>cfg.vol=hdm;</div><div>cfg.grid.filter=alldics.avg.filter;% common filter</div><div>cfg.dics.lambda='5%';</div><div>cfg.channel=channs;</div><div>cfg.frequency=13;</div><div>cfg.grad=data.grad;</div><div>cfg.keeptrials='yes';</div><div>cfg.rawtrial='yes';</div><div>dics=ft_sourceanalysis(cfg,pow);%pow contains csd of singletrials (only one condition)</div><div><br></div><div>I would suppose that the average of the rawtrials (obtained by ft_soucredescriptives([],dics) or by averaging power of single trials myselves) should be comparable to the output of dics with rawtrials='no' (and also keeptrials='no').</div><div><br></div><div>However this is not the case (the averaged raw trials have a 30-60% bigger amplitude compared to the average values obtained from dics without rawtrial='yes'). Am I misunderstanding something here? Or could it be that I use wrong parameters for beaming single trials?</div><div><br></div><div>Thanks for any advice!</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Nadia</div><div><br></div><div>Dr. Nadia Müller<br>CIMeC - Center for Mind/Brain Sciences<br>Università degli Studi di Trento<br>via delle Regole, 101<br>Mattarello (TN) - ITALY<br>e-mail <a href="mailto:nathan.weisz@unitn.it">nadia.muller@unitn.it</a><br><a href="http://sites.google.com/site/obobcimec">http://sites.google.com/site/obobcimec</a></div></div>_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br><a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></blockquote></div><br><div>

<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Jan-Mathijs Schoffelen, MD PhD </div><div><br></div><div>Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour, <br>Centre for Cognitive Neuroimaging,<br>Radboud University Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div><div>Max Planck Institute for Psycholinguistics,</div><div>Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div><div><a href="mailto:J.Schoffelen@donders.ru.nl">J.Schoffelen@donders.ru.nl</a></div><div>Telephone: +31-24-3614793</div></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></span>

</div>

<br></div></div>_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</blockquote></div><br></div></body></html>