<div dir="ltr">Dear Marco,<div><br></div><div style>I agree that sentence is not phrased ideally.   It is refering to the source data structure, i.e. the output of ft_sourceanalysis.  Specifically, copy the template_grid.pos to source.pos and then this updated source data structure can be used in ft_sourcegrandaverage.  Likewise,it can be overlaid on the MNI brain.   I'm not sure if the other fields are necessary, if they are, maybe someone else can comment.</div>

<div style><br></div><div style>Best,</div><div style>Johanna</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2013/1/11 Marco Curado <span dir="ltr"><<a href="mailto:marco.curado@yahoo.com.br" target="_blank">marco.curado@yahoo.com.br</a>></span><br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0"><tbody><tr><td valign="top" style="font:inherit">Dear Fieldtrip experts,<br>

<br>I have a question on MNI aligned grids for subjects head prior to source reconstruction.<br><br>In my experimental design, there are three experimental conditions (A, B and C) I want to compare in one group of subjects at the source level. To be able to compare source activity (by LCMV beamforming) among them, I use the MNI grid warped in every subject's head (to allow comparison at the source level) as stated in the tutorial "Create MNI-aligned grids in individual head-space": <br>

<br><a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/example/create_single-subject_grids_in_individual_head_space_that_are_all_aligned_in_mni_space" target="_blank">http://fieldtrip.fcdonders.nl/example/create_single-subject_grids_in_individual_head_space_that_are_all_aligned_in_mni_space</a><br>

<br>Up to now, everything is ok. But as I am naive in beamforming, I am a bit confused on the last sentence of this tutorial, where it is stated:<br><br>"You can use these single subjects' MNI grids in source analysis.
 After that you should put .pos, .xgrid, .ygrid, .zgrid, .dim field from the template_grid onto the subjects's source, which is thereby in MNI coordinates."<br><br>My question (indeed very basic) is what is exactly referred as the subject's source? Is it the final source localization after LCMV? I.e., do I need to insert such template_grid parameters in subject's parameter as last step after all source localization?<br>

Summing up: The procedure would be to use the .grid from the subject (already warped with MNI grid) for source localization with LCMV and after it I include these parameters from the template-grid?<br><br>Thanks a lot for your comprehension and attention to my question - I hope I was clear in my issue.<br>

My best wishes of an excellent year to everybody,<br>Marco Curado</td></tr></tbody></table><br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>