
<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Dear Russell,<div><br></div><div>There's an important detail that you may have glossed over, and relates indeed to the difference between PLV and ITC.</div><div><br></div><div>ITC can be defined within a single electrode (i.e. it is a univariate measure), and it quantifies the <i>phase </i><i> </i>consistency across observations, of oscillations relative to an event of interest.</div><div>PLC can only be defined across two electrodes (i.e. it is a bivariate measure), and it quantifies the <i>phase difference</i> consistency across observations, of oscillations (i.e. relative to one another).</div><div><br></div><div>The reference electrode does not count as a second electrode in this case. </div><div><br></div><div>In other words, it looks like you can only compute ITC. In order to visualize it, you can do something like this:</div><div><br></div><div>freqnew = freq;</div><div>freqnew = rmfield(freq, 'fourierspctrm');</div><div>freqnew.powspctrm = itc;</div><div><br></div><div>cfg = ... (build the cfg according to your needs)</div><div>figure;ft_singleplotER(cfg, freqnew);</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div><br></div><div>Jan-Mathijs  </div><div><br><div><div>On Jan 3, 2013, at 11:02 PM, Russell G Port wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Hello All,</font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">I was hoping someone could lend me a hand with an issue I have. I have animal EEG sets, which I have processed with fieldtrip. Each animal had 1 hippocampal</font></div>

<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">electrode and one reference electrode, and were run in a CED system. From the way it was setup in the past; each animal was listed as a channel. I.E. channel 1 </font></div><div>

<font face="arial, helvetica, sans-serif">corresponded to animal 1, etc etc. When I read it into fieldtrip,as would be correct normally each channel is again an animal and each run it a data set (which </font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">would normally be a subject). This is fine, since I have found ways to work around this, and can also separate each animal's data into seperate data sets</font></div>

<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">and rename their channel "electrode 1". What interests me though is computing the phase-locking value over trials, and/or making grand averages of the phase-locking</font></div>

<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">value over certain conditions (a certain subset of mice), I think another name for this phase-locking value would be intertrial coherence..? I am found useful things on </font></div>

<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">this board, i.e. to use ft_connectivityanlaysis, or using</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><span style="background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(34,34,34);white-space:pre-wrap"><font face="arial, helvetica, sans-serif">tmpdat = freq.fourierspctrm;</font></span></div>

<div><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">tmpdat = tmpdat./abs(tmpdat); ; % this will normalise each trial for its amplitude;

itc = abs(mean(tmpdat)); % this will give the itc</font></pre><pre style="background-color:rgb(255,255,255)"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><font color="#222222"><span style="white-space:pre-wrap">From reading other messages I know that everyone on this board is knowledgeable. How would other people compute this PLV for the kind of data I have? Is it the same as</span></font></font></pre>

<pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">ITC? I </font><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">assume theres critical details that I am glossing over. Lastly is there a way using ft_singleplotERS, to plot this PLV measure (or atleast measure of </span></pre>

<pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">coherence), since when plotting cross-spectra you would need a reference channel?</span></pre>

<pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></span></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Thanks</span></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Russell Port</span></pre>

<pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Upenn Neuroscience Graduate Group</font></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255)"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255)"><br></pre></div>

_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</blockquote></div><br><div>

<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Jan-Mathijs Schoffelen, MD PhD </div><div><br></div><div>Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour, <br>Centre for Cognitive Neuroimaging,<br>Radboud University Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div><div>Max Planck Institute for Psycholinguistics,</div><div>Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div><div><a href="mailto:J.Schoffelen@donders.ru.nl">J.Schoffelen@donders.ru.nl</a></div><div>Telephone: +31-24-3614793</div></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></span>

</div>

<br></div></body></html>