<font face="arial, helvetica, sans-serif">Hello All,</font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">I was hoping someone could lend me a hand with an issue I have. I have animal EEG sets, which I have processed with fieldtrip. Each animal had 1 hippocampal</font></div>
<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">electrode and one reference electrode, and were run in a CED system. From the way it was setup in the past; each animal was listed as a channel. I.E. channel 1 </font></div><div>
<font face="arial, helvetica, sans-serif">corresponded to animal 1, etc etc. When I read it into fieldtrip,as would be correct normally each channel is again an animal and each run it a data set (which </font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">would normally be a subject). This is fine, since I have found ways to work around this, and can also separate each animal's data into seperate data sets</font></div>
<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">and rename their channel "electrode 1". What interests me though is computing the phase-locking value over trials, and/or making grand averages of the phase-locking</font></div>
<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">value over certain conditions (a certain subset of mice), I think another name for this phase-locking value would be intertrial coherence..? I am found useful things on </font></div>
<div><font face="arial, helvetica, sans-serif">this board, i.e. to use ft_connectivityanlaysis, or using</font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><span style="background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(34,34,34);white-space:pre-wrap"><font face="arial, helvetica, sans-serif">tmpdat = freq.fourierspctrm;</font></span></div>
<div><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">tmpdat = tmpdat./abs(tmpdat); ; % this will normalise each trial for its amplitude;
itc = abs(mean(tmpdat)); % this will give the itc</font></pre><pre style="background-color:rgb(255,255,255)"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><font color="#222222"><span style="white-space:pre-wrap">From reading other messages I know that everyone on this board is knowledgeable. How would other people compute this PLV for the kind of data I have? Is it the same as</span></font></font></pre>
<pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">ITC? I </font><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">assume theres critical details that I am glossing over. Lastly is there a way using ft_singleplotERS, to plot this PLV measure (or atleast measure of </span></pre>
<pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">coherence), since when plotting cross-spectra you would need a reference channel?</span></pre>
<pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></span></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Thanks</span></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255)"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Russell Port</span></pre>
<pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255)"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Upenn Neuroscience Graduate Group</font></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255)">
<font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></pre><pre style="white-space:pre-wrap;color:rgb(34,34,34);background-color:rgb(255,255,255)"><br></pre></div>