<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii"><meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)"><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:Verdana;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Verdana","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:70.85pt 70.85pt 70.85pt 70.85pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#1F497D'>Dear Artemy,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#1F497D'>Keep in mind that in the “Bullmore-style” cluster-mass statistic<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#1F497D'>\sum_i (t_i - c_i) where t_i > c_i<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#1F497D'>the thresholds c_i are constants (i.e., independent of the data). Importantly, these constants also enter in the permutation distribution that is used to evaluated the significance of the maximum cluster-mass statistic, to the effect that the Bullmore-style and the Fieldtrip-style permutation distributions are shifted versions of each other. As a result, the p-values that roll out of the two approaches are identical.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#1F497D'>Best,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#1F497D'>Eric Maris<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div style='border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0cm 0cm 0cm 4.0pt'><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Artemy Kolchinsky [mailto:akolchin@indiana.edu] <br><b>Sent:</b> vrijdag 14 december 2012 14:31<br><b>To:</b> fieldtrip@science.ru.nl<br><b>Subject:</b> [FieldTrip] Question about cluster-based statistical testing (sum of t-stats or suprathreshold t-stats?)<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>Hi all,<br><br>I have a question about the cluster-based statistical testing in Fieldtrip, and also as described in Maris & Oostenveld's "Nonparametric statistical testing of EEG-and MEG-data".  As far as I understand, the 'maxsum' statistic (as implemented in <a href="https://code.google.com/p/fieldtrip/source/browse/trunk/private/clusterstat.m">https://code.google.com/p/fieldtrip/source/browse/trunk/private/clusterstat.m</a>) does the following:<br><br>1) Thresholds the t-statistic image (I just refer to t-statistics here for simplicity, I realize it can be other things also) above a 'non-corrected' threshold<br>2) Sums the t-statistics in each contiguous cluster (the 'cluster-mass') of values that exceed the threshold<br>3) Does a random-permutation-based null distribution of the 'maximum cluster-mass' statistic to test the significance of actually observed cluster-masses<br><br>However, from reading about cluster-mass statistics in other places (such as fMRI-based literature, e.g. Bullmore's <a href="http://www.ai.mit.edu/events/talks/fMRI/papers/permutation_tests2.pdf">http://www.ai.mit.edu/events/talks/fMRI/papers/permutation_tests2.pdf</a> [see Section G] , recent work on Random Field Theory of cluster masses <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2739659/">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2739659/</a> , etc.), each cluster's mass is actually taken to be the sum of the statistics *above* the non-corrected threshold (ie, the 'sum of suprathreshold statistics').   In other words, let's say our t-statistic for electrode i is t_i and the non-corrected threshold is c_i .  Then, if I am correct, Fieldtrip does:<br><br>\sum_i t_i where t_i > c_i<br><br>whereas other literature suggests<br><br>\sum_i (t_i - c_i) where t_i > c_i<br><br>It seems like these would be testing different things --- for example, I suspect Fieldtrip's method, versus 'Bullmore's method', would disadvantage clusters that have small spatial support.  To further complicate matters, from scanning Fieldtrip's code it seems that using the 'wcm' clusterstatistic option with wcm_weight = 1 would implement suprathreshold summing, but this option is not documented.  Basically, my question is if there is a particular reason for these discrepancies, and also if there is any opinion on which cluster-based test 'works better' (for lack of a better criterion).<br><br>Thanks greatly for any help,<br>-a<o:p></o:p></p></div></div></body></html>