Coherence we normally used is event related coherence, which measures the consistency of phase difference across trials between regions/channels, for single trial coherence there is an old paper which discuss this<div><a href="http://brainimaging.waisman.wisc.edu/~lutz/Lachaux_et_all_IJBChaos_2000.pdf">http://brainimaging.waisman.wisc.edu/~lutz/Lachaux_et_all_IJBChaos_2000.pdf</a><br>
</div><div><br></div><div>I implemented this long time back let me me know if this is some thing of your interest.</div><div><br></div><div>Sheraz Khan</div><div>Martinos Center</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">
On Mon, Nov 26, 2012 at 6:22 PM, Monika Mellem <span dir="ltr"><<a href="mailto:monikamellem@gmail.com" target="_blank">monikamellem@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear Fieldtrippers,<br><br>I am trying to calculate coherence estimates on individual trials of our EEG data and then want to perform a within-subjects statistical test, but so far I have not been able to figure out how to do this.  I am able to calculate coherence for our 22 subjects and then perform statistics on the grand average, so I understand the basic usage of these functions (ft_freqanalysis, ft_connectivityanalysis, ft_freqgrandaverage, ft_freqstatistics).  But now we want to do statistical testing on individual subjects.  Is it possible to keep coherence for individual trials in Fieldtrip as they seem necessary for this statistical analysis?<br>

<br>I am setting cfg.keeptrials = 'yes' as an input to ft_freqanalysis, and get the cross-spectra of individual trials (I also tried computing the fourier spectra but it made no difference in the following step).  However, when computing the coherence in ft_connectivityanalysis, Fieldtrip averages over the trials.  Is there a way to output coherence for individual trials instead?  Please see the full cfg structure settings below.<br>

<br>Also, I did look into the option of cfg.statistic = 'indepsamplesZcoh' as an input to ft_freqstatistics since previous posts suggested this was for single subject coherence statistics, but our data is paired as the same stimulus appears in the 2 conditions we are comparing.  Is there a paired test for single subject coherence testing, or should we use cfg.statistic = 'depsamplesT'?<br>

<br>Many thanks for any suggestions you may have!<br>Monika<br>________________<div><div><img>Monika Mellem<br></div></div><span><font color="#888888"><span><font color="#888888">PhD Candidate<br>
Interdisciplinary Program in Neuroscience<br>Georgetown University<br>
Washington, DC<br><a href="mailto:msm79@georgetown.edu" target="_blank">msm79@georgetown.edu</a><br><a href="tel:202-687-2687" value="+12026872687" target="_blank">202-687-2687</a></font></span>
</font></span><br><br>***********************************************************************<br>cfg settings for ft_freqanalysis and ft_connectivityanalysis<br>***********************************************************************<br>

cfg = [];<br>cfg.prestim = -0.5;  <br>cfg.poststim = 1.5;  <br>cfg.foilim = [2 30];<br>cfg.freqrange = 'low';<br>% cfg.output     = 'fourier';<br>cfg.output     = 'powandcsd';<br>cfg.method = 'mtmconvol';<br>

cfg.keeptrials = 'yes';  <br>cfg.channel    = {'all'};  <br>cfg.channelcmb = {refchan 'all'}; <br><br>cfgcoh=[];<br>cfgcoh.channelcmb = cfg.channelcmb;<br>cfgcoh.method = 'coh';<br><br>v = genvarname(['CRSP_' condition '_low']);<br>

eval([v '= ft_multitaper_powcoh_EGI(cfg, data);']);  %Wrapper around ft_freqanalysis <br><br>w = genvarname(['COH_' condition '_low']);<br>eval([w '= ft_connectivityanalysis(cfgcoh, ' v ');']);<br>

<br><br>
<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>