Dear Eelke,<div><br></div><div>Thank you for your reply. It was indeed the answer I was hoping to get.</div><div>I still have some questions about the variables though:</div><div>1. When you refer to 'var', do you mean SDs? SEs? some other measure of variance that I should calculate?</div>
<div>2. In the webpage you referred me to, i saw that I should also define "dof"; I gather that in the case of average across subjects, this refers to the number of subjects. Then, it will be a matrix of CHANxTIME, where all values are identical to the number of subjects. Is this correct?</div>
<div>3. What about the grad & cfg fields? How should I generate these?</div><div><br></div><div>Many thanks again for your help</div><div>Liad</div><div><br></div><div><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 20, 2012 at 11:46 PM, Eelke Spaak <span dir="ltr"><<a href="mailto:eelke.spaak@donders.ru.nl" target="_blank">eelke.spaak@donders.ru.nl</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Liad,<br>
<br>
FieldTrip data structures are just Matlab structures, so with some<br>
custom Matlab code you should be able to convert any arbitrary data<br>
matrix into FT style. The data you have resembles the output of FT's<br>
ft_timelockgrandaverage function, with keepindividual='yes' specified.<br>
It should look something like this to be compatible with FT:<br>
<br>
data =<br>
<br>
         label: {152x1 cell} % channel labels<br>
           avg: [152x900 double] % grand average, chanXtime<br>
           var: [152x900 double] % variance, chanXtime<br>
          time: [1x900 double] % time axis, in seconds<br>
    individual: [10x152x900 double] % subjXchanXtime, individual averages<br>
        dimord: 'subj_chan_time' % keep as is, dimensionality ordering<br>
for the fields<br>
<br>
Alternatively, you could put the difference data in a 'simple'<br>
(single-subject) timelock data structure, which would also allow it to<br>
be plotted. This approach is probably the easiest, if all you want to<br>
use FT for is plotting the topography of difference. Have a look at<br>
<a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/faq/how_are_the_various_data_structures_defined" target="_blank">http://fieldtrip.fcdonders.nl/faq/how_are_the_various_data_structures_defined</a><br>
for how to create a simple timelock data structure.<br>
<br>
Best,<br>
Eelke<br>
<div><div class="h5"><br>
On 21 November 2012 07:01, liad glz <<a href="mailto:liad.glz@gmail.com">liad.glz@gmail.com</a>> wrote:<br>
> I have two matrices that include EEG data for two experimental conditions<br>
> (channelsXtimepointsXsubjects). The data has already been preprocessed. I<br>
> would like to use FieldTrip in order to plot topographic maps for the<br>
> difference between the conditions, and I see that the function requires many<br>
> input variables that were manufactured by the previous functions in<br>
> FieldTrip. Does that mean that I cannot use a function without running all<br>
> the previous ones on the raw data?<br>
><br>
> Many thanks<br>
> Liad<br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> fieldtrip mailing list<br>
> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</blockquote></div><br></div>