
<html><head><base href="x-msg://471/"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Dear Mikel,</div><div><br></div><div>see attached file.</div><div><br></div><div>basically this function segments the fiducial-based-coregistered MR and alters the transformation-matrix to best fit the headshape in a least-squares sense. in practice, if your first coregistration was not too terrible this works quite fine. you can remove some very outlying headshape points as well.</div><div><br></div><div>see some docs here:</div><div><a href="https://wiki.cimec.unitn.it/tiki-index.php?page=MRICoreg">https://wiki.cimec.unitn.it/tiki-index.php?page=MRICoreg</a></div><div><br></div><div>some steps are quite lengthy (segmentation) and coded in frankenstein-style (i.e. mostly by me). so if you have improvements on the code, we would be happy to get them as well.</div><div><br></div><div>ciao,</div><div>nathan</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><br><div><div>On 22.11.2012, at 14:21, Mikel Lizarazu wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div><div style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0); "><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span lang="EN-GB">Dear Fieldtrippers,</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span lang="EN-GB"> I am working with MEG data from Elekta and T1 images.</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span lang="EN-GB">I am realigning MEG data with T1 images using ft_volumerealign function selecting N,LPA,RPA points. However, I would like to know if there is a possibility to also include the headshape information (isotrak data) in the realignment to obtain a better final result.</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span lang="EN-GB">Many thanks for your answers,</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><span lang="EN-GB">Patrick</span></div><span><br>--<span class="Apple-converted-space"> </span><br><span name="x"></span>Mikel Lizarazu<br>Predoctoral researcher<br><a href="http://www.bcbl.eu">www.bcbl.eu</a><span name="x"></span><br></span></div>_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br><a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></div></blockquote></div></body></html>