Dear all,<br><br>My experience with cleaning high-density EEG (i.e. >=129 channels) is that PCA reduction is necessary before ICA. If you do not do the PCA, you (1) spread out your artifactual source across multiple components,  (2) you get a lot of components representing single channels, and (3) you need long recordings to get enough data for so many component (i.e. ~30*129^2 as lower limit for 129 components, a rule-of-thumb I have from the EEGLAB website). <br>

<br>This also means that we, e.g., recommend our students using the Neurophysiological Biomarker Toolbox to clean data to reduce their 129-channel data to rank 15 (<a href="http://www.nbtwiki.net/doku.php?id=tutorial:compute_independent_component_analysis#.UJpfS4az70E">http://www.nbtwiki.net/doku.php?id=tutorial:compute_independent_component_analysis#.UJpfS4az70E</a>)! It is simply easier for them to understand 15 components than 129 components...<br>

<br>However, my opinion is only based on my non-systematical observations.. I don't know if, e.g., reducing a 129 channel Signal to a PCA rank 30 Signal potentially could remove low power neuronal signal (e.g. gamma oscillations)?  <br>

<br>I look forward to see the report on PCA dimension reduction effects on ICA!<br><br>Back to <span name="Eleanor Harding" class="">Eleanor</span>'s question: I would also recommend you to do a full rank ICA for 64 channel data. Good luck with the cleaning.<br>

<br>Best regards,<br>Simon-Shlomo Poil<br><br><br><br><br><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2012/11/7 Matt Craddock <span dir="ltr"><<a href="mailto:matt.craddock@uni-leipzig.de" target="_blank">matt.craddock@uni-leipzig.de</a>></span><br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">On 06/11/2012 19:44, Arnaud Delorme wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear Ellie,<br>
<br>
you should decompose your full rank matrix. PCA dimension reduction may seriously affects and bias ICA solutions (I have seen a yet-to-be published report on that).<br>
<br>
Best,<br>
<br>
Arno<br>
</blockquote>
<br></div>
Dear all,<br>
<br>
Uh oh. If PCA is off the table, what should be done if the data is not full rank? e.g. if it's in average reference or multiple channels are bridged etc. Is the bias introduced by PCA worse than trying to decompose a matrix which is not full rank as if it were full rank?<br>


<br>
Wouldn't<br>
<br>
cfg.runica.pca  =rank(your_number_of_channels)<br>
<br>
always set it to 1, and thus tell runica to reduce to only a single component? Or does setting it to 1 tell runica to detect rank-deficiency and suggest an appropriate reduction? I don't normally run ICA via fieldtrip, so am not sure how to tell it to detect the rank and reduce accordingly; EEGLAB at least asks you about this when it detects rank deficiency (or at least, should do - i've found it a little temperamental on this point, but this is the Fieldtrip list so...).<br>


<br>
Regards,<br>
Matt<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
-- <br>
Dr. Matt Craddock<br>
<br>
Post-doctoral researcher,<br>
Institute of Psychology,<br>
University of Leipzig,<br>
Seeburgstr. 14-20,<br>
04103 Leipzig, Germany<br>
Phone: <a href="tel:%2B49%20341%20973%2095%2044" value="+493419739544" target="_blank">+49 341 973 95 44</a></font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
______________________________<u></u>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/<u></u>mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>-- <br>Simon-Shlomo Poil<br><br>Center of MR-Research <br>University Children’s Hospital Zurich<br><br>Mobile number: +41 (0)76 399 5809<br>Office number: +41 (0)44 266 3129<br>

Skype: poil.simonshlomo<br>Webpage: <a href="http://www.poil.dk/s/" target="_blank">http://www.poil.dk/s/</a> and <a href="http://www.nbtwiki.net" target="_blank">http://www.nbtwiki.net</a> and<br><a href="http://www.kispi.uzh.ch/Kinderspital/Medizin/mrzentrum_en.html" target="_blank">http://www.kispi.uzh.ch/Kinderspital/Medizin/mrzentrum_en.html</a><br>


</div>