<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Dear Yuval, <div><br></div><div>Thanks for the feedback. It would be awesome if you could digitize some 'electrodes' and send some data (obviously I am now not anymore working in a lab with a 4d-machine). At present FT's read_4d_hdr indeed tries to interpret the 'b_eeg_elec_locs' user-block. In addition to (what I expect) the digitized electrode positions, this block also contains the digitized coil positions in combination with the anatomical landmarks, yielding useful coregistration information.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>JM</div><div><br><div><div>On Oct 31, 2012, at 1:07 PM, Yuval Harpaz wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div dir="ltr">Dear Jan-Mathijs <br>I don't have such data at the moment<div>I think you can get to the information in the config.</div><div><div>it is in user_data_block{1,12}</div><div>here is how I get to it with pdf4D</div>

</div><div><br></div><div><br></div><div><div>pdf=pdf4D('c2,rfDC');</div><div>header = get(pdf, 'Header');</div><div>chi=channel_index(pdf,'EEG');</div><div>config = get(pdf, 'config');</div>

<div>% chi(1)</div><div>% chan_no = header.channel_data{chi(1)}.chan_no</div><div>config.user_block_data{1,12}.hdr.type</div><div>config.user_block_data{1,12}.reserved</div><div><br></div><div><br></div><div>I may collect some data later today or in the next few days, I'll let you know if I do.</div>

<div>here is the data for eeg with no digitization of eeg</div><div><br></div><div><div>ans =</div><div><br></div><div>b_eeg_elec_locs</div><div><br></div><div><br></div><div>ans =</div><div><br></div><div>  Columns 1 through 22</div>

<div><br></div><div>    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0</div><div><br></div><div>  Columns 23 through 32</div><div><br></div><div>    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0</div>

</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div class="gmail_quote">On 31 October 2012 09:03, jan-mathijs schoffelen <span dir="ltr"><<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl" target="_blank">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">Dear community and 4d-users in particular,<div><br></div><div>I am in the process of implementing more robust support in the fileio module to deal with simultaneous MEG/EEG measurements using the 4D-neuroimaging system. Specifically, I want to improve the reading of EEG electrode positions, when these have been digitized using the Polhemus in combination with the 4D acquisition software. This question has been raised on this list over a year ago by Margit Schönherr (who kindly sent me a dataset to work with: thanks Margit), but it would be really helpful if I could benefit from your knowledge/input. At the moment FT can extract electrode positions from the header, but it is based on reverse engineering based on 1 dataset only. Therefore I would like to ask you whether you could send me some (as small as possible) datasets, which contain digitized electrode positions (in combination with the corresponding config and hs_file). This would be much appreciated.</div>

<div>On a related note, Margit's dataset contained electrode positions in combination with their labels according to the 10/20 convention. Does anybody know whether information is stored in the file-header that links the named electrodes to the generic naming scheme 'E1'...'Ex'?</div>

<div><br></div><div>Thanks for any input,</div><div><br></div><div>JM</div><div><br></div><div><br></div><div><div>
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-align:-webkit-auto;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-align:-webkit-auto;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">

<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-align:-webkit-auto;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">

<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">

<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">

<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">

<div>Jan-Mathijs Schoffelen, MD PhD </div><div><br></div><div>Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour, <br>Centre for Cognitive Neuroimaging,<br>Radboud University Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div>

<div>Max Planck Institute for Psycholinguistics,</div><div>Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div><div><a href="mailto:J.Schoffelen@donders.ru.nl" target="_blank">J.Schoffelen@donders.ru.nl</a></div><div>Telephone: <a href="tel:%2B31-24-3614793" value="+31243614793" target="_blank">+31-24-3614793</a></div>

</div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></span>
</div>
<br></div></div><br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">

<br>Dr .Harpaz<br><br><a href="http://faculty.biu.ac.il/~goldsa/index.html" target="_blank">BIU MEG lab</a><br></div><br>
</div></div>
_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Jan-Mathijs Schoffelen, MD PhD </div><div><br></div><div>Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour, <br>Centre for Cognitive Neuroimaging,<br>Radboud University Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div><div>Max Planck Institute for Psycholinguistics,</div><div>Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div><div><a href="mailto:J.Schoffelen@donders.ru.nl">J.Schoffelen@donders.ru.nl</a></div><div>Telephone: +31-24-3614793</div></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></span>
</div>
<br></div></body></html>