Hi,<div><br></div><div>I know this is not a recent post, but please allow me to ask a follow-up question; can you use cfg.pad for ft_freqanalysis for the baseline in this case (assuming post-baseline period of interest is uniform length, say 1000ms)?</div>

<div><br></div><div>Such as:</div><div><font color="#33ff33">% extract baseline (500ms)</font></div><div>







<font color="#000099">cfg             = [];<br>cfg.toilim      = [-.7 -.2];<br>data_BL         = ft_redefinetrial(cfg,ft_data);</font><br><br></div><div><font color="#33ff33">% pad to make it 1000ms and run ft_freqanalysis</font></div>

<div><font color="#000099">cfg             = [];<br><b>cfg.pad         = 1;</b><br>cfg.method      = 'mtmfft';<br>cfg.output      = 'powandcsd';<br>cfg.foi         = foi;<br>cfg.taper       = 'dpss';<br>

cfg.tapsmofrq   = smooth;<br>freq_BL         = ft_freqanalysis(cfg,data_BL);</font></div><div><font color="#000099"><br></font></div><div>Thanks! Akiko<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 2, 2012 at 4:07 PM, Johanna Zumer <span dir="ltr"><<a href="mailto:johanna.zumer@donders.ru.nl" target="_blank">johanna.zumer@donders.ru.nl</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Anna,<div><br></div><div>Ideally for the common filter, you want the same amount of data T(s) per condition, where T = N x tw (and N is number of trials and tw is timewindow length).  In your case, if the baselines for each conditions can be combined into one general baseline, and if you happen to have 100 trials per condition, then T_baseline = 3 x 100 x 0.5s = 150s.  If you then use 1.5s length post-baseline, then T_each_condition = 100 x 1.5s = 150s, so you now have equal T for each condition for the common filter.</div>



<div><br></div><div>However, in order to have an equal effect of tapers and edge-effects on the different conditions, you should use equal time window lengths in freqanalysis.  Thus it would be better to split your post-baseline data into 3 segments of 500ms each before calling ft_freqanalysis, which again gives T = 100 x 0.5 x 3 = 150s.</div>



<div><br></div><div>Cheers,</div><div>Johanna<br><br></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div><div class="gmail_quote">2012/6/29 Anna Wilsch <span dir="ltr"><<a href="mailto:wilsch@cbs.mpg.de" target="_blank">wilsch@cbs.mpg.de</a>></span><br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<br>
Dear Fieldtrippers,<br>
<br>
I'm trying to beamform my MEG data by building a common filter including three conditions and a baseline for each condition. The baseline intervals have a duration of 500 ms. I was wondering if it is ok if the post-baseline data are longer than that (1000 - 2000 ms). Does it have any negative impact on the cross-spectral-density matrix and/or the common filter? Would that still be a valid operation to do or is it necessary that baseline and post baseline data have the same length?<br>




Thank you for your comments.<br>
<br>
Cheers,<br>
Anna<br>
<br>
<br>
Anna Wilsch, Dipl.-Psych.<br>
Auditory Cognition Research Group<br>
Max Planck Institute for Human Cognitive and Brain Sciences<br>
Stephanstr. 1a - Leipzig, Germany<br>
(p) <a href="tel:%2B49%20%280%29341%209940%202641" value="+4934199402641" target="_blank">+49 (0)341 9940 2641</a><br>
(e) <a href="mailto:wilsch@cbs.mpg.de" target="_blank">wilsch@cbs.mpg.de</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</blockquote></div><br></div>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><font><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Akiko Ikkai, Ph.D. <br>

Postdoctoral Fellow<br style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"></span></font><font style="font-family:arial,helvetica,sans-serif" face="'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'">Department of 
Psychological and Brain Sciences<br>Johns Hopkins University<br>Ames 
Hall, 3400 N. Charles St.<br>Baltimore, MD 21218</font><br style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br><br>
</div>