yes, that's the beauty of it! <br><br><div class="gmail_quote">On 23 October 2012 09:08, Johanna Zumer <span dir="ltr"><<a href="mailto:johanna.zumer@donders.ru.nl" target="_blank">johanna.zumer@donders.ru.nl</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Akiko,<br>
<br>
The .pos entries are (as expected) different for every subject due to<br>
the different coregistration of that subject to the standard MNI.<br>
However, the grid positions all originate from the same original<br>
MNI-based positions, and are in the same order.  Thus,<br>
d1group{1}.pos(1,:) corresponds to the template_grid.pos(1,:) and so<br>
forth.   You can substitue d1group{n}.pos=template_grid.pos for all<br>
subjects, and then call the stats function, and the results are now in<br>
the MNI template grid space.<br>
<br>
Cheers,<br>
Johanna<br>
<br>
2012/10/22 Akiko Ikkai <<a href="mailto:akiko.ikkai@gmail.com">akiko.ikkai@gmail.com</a>>:<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5">> Hi Johanna,<br>
><br>
> you are right! specifying cfg.grid = grid; was the key; ft_sourceanalysis<br>
> for each condition runs to the completion :)<br>
><br>
> However, since my data is EEG and the electrode locations vary (hence the<br>
> grid coordinates vary) between subjects, running stats across subjects<br>
> without normalizing might be causing a problem. For example, the first 3<br>
> points in subject1's .pos are (after creating template grid etc.., and run<br>
> ft_sourceanalysis using MNI grid):<br>
><br>
> d1group{1}.pos(1:3,:)<br>
> ans =<br>
>    -8.7000   -7.5000   -7.6000<br>
>    -7.7000   -7.5000   -7.6000<br>
>    -6.7000   -7.5000   -7.6000<br>
><br>
> and the same points for the subject2's are:<br>
><br>
> d1group{2}.pos(1:3,:)<br>
> ans =<br>
>    -8.3000   -7.6000   -8.2000<br>
>    -7.3000   -7.6000   -8.2000<br>
>    -6.3000   -7.6000   -8.2000<br>
><br>
> So when I try to run ft_sourcestatistics. I get an error message:<br>
> ??? Error using ==> statistics_wrapper at 109<br>
> grid locations of the source reconstructions do not match, use<br>
> NORMALISEVOLUME<br>
> first<br>
><br>
> Error in ==> ft_sourcestatistics at 100<br>
>     [stat, cfg] = statistics_wrapper(cfg, varargin{:});<br>
><br>
> Perhaps I should interpolate and normalize each subject, and run group stats<br>
> afterall?<br>
><br>
> Thanks! Akiko<br>
><br>
</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>