<font class="Apple-style-span" face="Arial" size="2">Dear list</font><div><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="2"><br /></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="2">when running ft_volumerealign with the spm template MRI in the interactive mode, I get something like: </font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="2"><div><br /></div><div>============================================================================</div><div>voxel 838065, indices [46 54 85], location [0.0 -20.0 96.0] mm</div><div>nas_voxel = [46.000000 104.000000 11.000000], nas_head = [0.000000 80.000000 -52.000000]</div><div>lpa_voxel = [5.000000 54.000000 11.000000], lpa_head = [82.000000 -20.000000 -52.000000]</div><div>rpa_voxel = [85.000000 54.000000 11.000000], rpa_head = [-78.000000 -20.000000 -52.000000]</div><div>xzpoint_voxel = [46.000000 54.000000 85.000000], xzpoint_head = [0.000000 -20.000000 96.000000]</div><div>the call to "ft_volumerealign" took 136 seconds and an estimated 39 MB</div><div><br /></div><div>Now I would like to rerun it in the fiducial mode, using the above information.</div><div>According to help, I need to do this:</div><div><br /></div></font><span class="Apple-style-span" style="font-family: Arial; font-size: small; ">For realigning to the fiducials, you should specify the position of the </span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Arial; font-size: small; ">fiducials in voxel indices.</span></div><div><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="2"><div><div>    cfg.fiducial.nas  = [i j k], position of nasion</div><div>    cfg.fiducial.lpa  = [i j k], position of LPA</div><div>    cfg.fiducial.rpa  = [i j k], position of RPA</div></div><div><br /></div><div>I used the voxel indices (code below), but ended up with the MRI upside-down (see attached picture).</div><div>Trying the landmark mode was also without success.</div><div><br /></div><div>Am I doing something silly here?</div><div><br /></div></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="2">Thanks in advance</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="2">Markus</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="2"><br /></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="2"><br /></font></div><div><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(0, 163, 45); font-family: Courier; font-size: 14px; ">% Load SPM8 T1 template </span></div><div><font class="Apple-style-span" face="Arial" size="2">
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 14.0px Courier; color: #c600f5"><span style="color: #000000"> template     = </span>'/Documents/MATLAB/spm8/templates/T1.nii'<span style="color: #000000">;</span></p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 14.0px Courier"> template_mri = ft_read_mri(template);</p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 14.0px Courier"> disp(template_mri)</p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 14.0px Courier; min-height: 17.0px"> </p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 14.0px Courier; color: #00a32d">% 2. Realign the coordinate system</p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 14.0px Courier"> cfg                = []; </p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 14.0px Courier"> cfg.method         = <span style="color: #c600f5">'fiducial'</span>; <span style="color: #00a32d">% 'interactive';</span></p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 14.0px Courier"> cfg.fiducial.nas   = [46 104 11];</p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 14.0px Courier"> cfg.fiducial.lpa   = [5 54 11];</p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 14.0px Courier"> cfg.fiducial.rpa   = [85 54 12];</p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 14.0px Courier"> cfg.fiducial.zpoint= [46 54 85];</p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 14.0px Courier"> cfg.coordsys       = <span style="color: #c600f5">'ctf'</span>;</p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 14.0px Courier"> template_mri_realigned  = ft_volumerealign(cfg, template_mri);</p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 14.0px Courier; min-height: 17.0px"><br /></p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 14.0px Courier; min-height: 17.0px"> </p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 14.0px Courier; color: #00a32d">% 3. Check the coordinate system</p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 14.0px Courier"> cfg                     = [];</p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 14.0px Courier"> cfg.interactive         = <span style="color: #c600f5">'yes'</span>;</p>
<p style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 14.0px Courier"> template_mri_checked    = ft_determine_coordsys(template_mri_realigned);</p><div><br /></div></font></div>