Hi Akiko,<div><br></div><div>Hopefully someone else can answer your main SCD question (although ft_scalpcurrentdensity provides the citations for the original papers on which these 2 methods are based).   </div><div><br></div>

<div>But for now, just a quick answer to your units question.  The best way to convert the units of a FieldTrip data structure is with ft_convert_units, for example:  elec_out = ft_convert_units(elec_in, 'm').     If elec.unit does not already exist in the structure, then either you can set it first if you know the units, or FT will do its best to assume which units the structure is in.</div>

<div><br></div><div>Also note that the 'help' of ft_scalpcurrentdensity states that "the spatial distribution still will be correct" even if units do not match, which should explain why the topoplot shows the same results.</div>

<div><br></div><div>Cheers,</div><div>Johanna</div><div><br><div class="gmail_quote">2012/8/31 Akiko Ikkai <span dir="ltr"><<a href="mailto:akiko.ikkai@gmail.com" target="_blank">akiko.ikkai@gmail.com</a>></span><br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<div><br></div><div>I'm trying to run plv analysis, first acquiring SCD of my data with ft_scalcurrentdensity, and am confused about the difference between cfg.method = '<span style="background-color:rgb(247,249,250);color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,'Andale Mono',Menlo,Monaco,monospace;font-size:12px;line-height:18px;text-align:justify;white-space:pre-wrap">finite</span>' and 'spline.'  Both gave similar results short-range, but 'spline' gives higher plv at long range plv. I'd love it if someone could explain or suggest reading on the difference between these two methods (or is one method preferred over the other in some cases?). </div>

<div><br></div><div>Also, I'm not sure whether or not I should convert my elec.pnt  values, since the code ft_scalcurrentdensity says that </div><table style="border-collapse:collapse;text-align:start;font-size:12px;white-space:pre-wrap;font-family:Monaco,'DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Lucida Console',monospace;margin:0px;padding:0px">

<tbody style="padding:0px;margin:0px"><tr style="padding:0px;margin:0px"><td style="font-size:12px;padding:0px 0px 0px 4px;margin:0px;white-space:pre-wrap;vertical-align:top"><span style="color:rgb(102,0,102)">"Note</span><span> that the skin conductivity</span><span style="color:rgb(102,102,0)">,</span><span> electrode dimensions and the potential</span></td>

</tr><tr style="padding:0px;margin:0px"><td style="font-size:12px;padding:0px 0px 0px 4px;margin:0px;white-space:pre-wrap;vertical-align:top"><span>all have to be expressed in the same SI units.</span><span style="background-color:transparent">" 

My elec.pnt are in cm, and I'm using the default conductivity (<span style="color:rgb(0,102,102);font-family:Monaco,'DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Lucida Console',monospace">0.33<span style="font-family:Monaco,'DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Lucida Console',monospace"> S<span style="color:rgb(102,102,0);font-family:Monaco,'DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Lucida Console',monospace">/<span style="font-family:Monaco,'DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Lucida Console',monospace">m<span style="background-color:transparent;font-family:Monaco,'DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Lucida Console',monospace">). <span style="background-color:transparent">Do I need to do something like elec.pnt = elec.pnt/100 to convert the unit from cm to m? With or without conversion, I got the same results (viewed with ft_topoplotTFR), and I'm a little confused...

Thank you in advance for your time! Akiko  </span></td></tr></tbody></table><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><div><div><br></div>-- <br><font><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Akiko Ikkai, Ph.D. <br>

Postdoctoral Fellow<br style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">

</span></font><font style="font-family:arial,helvetica,sans-serif" face="'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'" size="2">Department of 

Psychological and Brain Sciences<br>Johns Hopkins University<br>Ames 

Hall, 3400 N. Charles St.<br>Baltimore, MD 21218</font><br style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br><br>

</div></div>

</font></span><br>_______________________________________________<br>

fieldtrip mailing list<br>

<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>

<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br></div>