
<html><head><base href="x-msg://59/"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Xiaoxiao,<div><br></div><div>It looks as if your mri (from which you obtained the vol-variable) and the data in the hs_file are not expressed in the same coordinate system. The geometrical objects that you need to combine in order to compute leadfields should be defined in the same coordinate system. My guess is that you will first need to apply ft_volumerealign to your mri_nom variable, to get it back into the Bti-based coordinate system. </div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Jan-Mathijs</div><div><br></div><div><br></div><div><div><div>On Jul 21, 2012, at 1:28 AM, Bai, XiaoXiao wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div fpstyle="1" ocsi="0"><div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 10pt; "><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Dear Sir/Madam,</div><p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> </p><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">I am a new fieldtrip user and want to apply the beamformer method in Fieldtrip for the MEG data from 4D/BTI system. Now I can get a individual subject MRI in analysis/spm format from CURRY software.</div><p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> </p><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">This is my code for create volume head model for the beamformer,</div><p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> </p><font size="2" face="Courier New"><font size="2" face="Courier New"><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">mri_nom = ft_read_mri(mrifile);</div><p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> </p><p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "></p><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">cfg = [];</div><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">[segmentedmri] = ft_volumesegment(cfg, mri_nom);</div><p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> </p><p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "></p><p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "></p><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">cfg = [];</div></font></font><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "><font size="2" face="Courier New"><font size="2" face="Courier New">cfg.method =<span class="Apple-converted-space"> </span></font></font><font color="#a020f0" size="2" face="Courier New"><font color="#a020f0" size="2" face="Courier New"><font color="#a020f0" size="2" face="Courier New">'singleshell'</font></font></font><font size="2" face="Courier New"><font size="2" face="Courier New">;</font></font></div><font size="2" face="Courier New"><font size="2" face="Courier New"><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">vol = ft_prepare_headmodel(cfg, segmentedmri);</div><p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> </p><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">The vol and sensor locations were displayed and attached with here.</div><p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> </p><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">How can I co-register the vol with sensors based on headshpe file (hs_file) for computing lead field for next step?</div><p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> </p><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Thanks a lot.</div><p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> </p><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Best regards,</div><p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; "> </p><div style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px; ">Xiaoxiao</div><div id="divExp" class="divExp draftItem"><div id="divSelDisplay"></div><div id="divBdy" class="bdyItmPrt" _fallwcm="1"><div><div><div dir="ltr"><font color="black" size="2" face="Tahoma"><span dir="ltr" style="font-size: 10pt; "><div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial,sans-serif">Division of Clinical Neurosciences, Department of Pediatrics</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial,sans-serif">University of Tennessee Health Science Center, College of Medicine &</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial,sans-serif">Neuroscience Institute, LeBonheur Children's Hospital</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial,sans-serif">777 Washington Avenue, P335</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial,sans-serif">Memphis, TN 38105, USA</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial,sans-serif">Phone: 901-287-4612</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Arial,sans-serif">Fax: 901-287-5325</font></div></div></span></font></div></div></div></div></div></font></font></div><span><sensor and volume.png></span>_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br><a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></div></span></blockquote></div><br><div>

<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Jan-Mathijs Schoffelen, MD PhD </div><div><br></div><div>Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour, <br>Centre for Cognitive Neuroimaging,<br>Radboud University Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div><div>Max Planck Institute for Psycholinguistics,</div><div>Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div><div><a href="mailto:J.Schoffelen@donders.ru.nl">J.Schoffelen@donders.ru.nl</a></div><div>Telephone: +31-24-3614793</div></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></span>

</div>

<br></div></body></html>