Hello Marco, <br><br>For how to test an interaction in a 2x2 design, see <a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2011-January/003447.html">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2011-January/003447.html</a> (and some additional information at <a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2010-December/003338.html">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2010-December/003338.html</a>, <a href="http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2011-September/004244.html">http://mailman.science.ru.nl/pipermail/fieldtrip/2011-September/004244.html</a>, and Anderson & Braak 2003 in <i>Journal of Statistical Computation & Simulation</i>).  I'm not sure about the other two issues you mentioned, though.<br>
<br>Best,<br>Steve<br><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Message: 1<br>
Date: Thu, 26 Jul 2012 12:36:39 +0200<br>
From: Marco Buiatti <<a href="mailto:marco.buiatti@gmail.com">marco.buiatti@gmail.com</a>><br>
To: <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
Subject: Re: [FieldTrip] interactions between two factors<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CA%2BwnTO2TL7XtzsKX2QciqXZO9hVxGUZTPjXwoYtS54ztRc0KeQ@mail.gmail.com">CA+wnTO2TL7XtzsKX2QciqXZO9hVxGUZTPjXwoYtS54ztRc0KeQ@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1<br>
<br>
Dear FieldTrippers,<br>
<br>
some time ago I have posted the message below concerning how to<br>
compute the statistical interaction between two factors in an EEG<br>
study with the FieldTrip cluster-based statistical analysis. Since I<br>
believe it is a problem of general interest, I was confident I would<br>
have received some replies, no matter how critics. But I had no reply<br>
and I am trying to guess why:<br>
<br>
- the problem is trivial, I should go back to my statistics books and<br>
solve it myself;<br>
- the problem is ill-posed, I should go back to my statistics books<br>
and reformulate it correctly;<br>
- the problem is tabou, no one dares commits to a solution because it<br>
could be a wrong one.<br>
- the problem is solved: I should read message number #.<br>
<br>
Thanks a lot for your feedback,<br>
<br>
Best,<br>
<br>
Marco<br>
<br>
On 25 May 2012 15:58, Marco Buiatti <<a href="mailto:marco.buiatti@gmail.com">marco.buiatti@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Dear FieldTrippers,<br>
><br>
> I am analysing an EEG study with 2x4 factors: one varies between 4<br>
> parametrically varying levels (1 to 4), the second between two levels.<br>
><br>
> I have three questions concerning the use of Fieldtrip cluster-based<br>
> non parametric statistical analysis in this case:<br>
><br>
> 1) How to compute the interaction between the two factors. Let's start<br>
> from the simplest case of a 2x2 design, factors varying between values<br>
> A1 and A2 for the first factor, B1 and B2 for the second. Please tell<br>
> me if it is correct to compute the interaction by:<br>
> - computing the difference diffA=ERP(A1)-ERP(A2) separately in<br>
> condition B1 and B2, for every subject<br>
> - performing a within-subjects statistical analysis between diffA in<br>
> condition B1 and diffA in condition B2 (function<br>
> statfun_depsamplesT.m).<br>
><br>
> 2) Now consider that factor A varies parametrically between values 1<br>
> to 4. For the main effect of this factor, I have used the Fieldtrip<br>
> function statfun_depsamplesregrT.m and I'm satisfied with it. Is it<br>
> correct to compute the interaction by<br>
> - computing the regression<br>
> regrA=regression(ERP(A1),ERP(A2),ERP(A3),ERP(A4)) (computed as inside<br>
> function statfun_depsamplesregrT.m) separately in condition B1 and B2,<br>
> for every subject<br>
> - performing a within-subjects statistical analysis between regrA in<br>
> condition B1 and regrA in condition B2 (function<br>
> statfun_depsamplesT.m)?<br>
><br>
> 3) Since BEFORE looking at the data (this is to prevent Eric's<br>
> contestation...) I expect a dipolar topography for the regression<br>
> (data are in average reference), I would like to combine into a joint<br>
> cluster negative and positive clusters. I have tried by changing<br>
> statfun_depsamplesregrT.m by just taking the absolute value of the<br>
> regression, but I get weird results (a huge, non significant cluster).<br>
> Is it possible that since values are now all positive, I should use a<br>
> different statistical test at the single bin level? Any other<br>
> suggestions?<br>
><br>
> Thanks in advance for your help,<br>
><br>
> Marco<br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> Marco Buiatti, PhD<br>
><br>
> CEA/DSV/I2BM / NeuroSpin<br>
> INSERM U992 - Cognitive Neuroimaging Unit<br>
> B?t 145 - Point Courrier 156<br>
> Gif sur Yvette F-91191  FRANCE<br>
> Ph:  +33(0)169.08.65.21<br>
> Fax: +33(0)169.08.79.73<br>
> E-mail: <a href="mailto:marco.buiatti@gmail.com">marco.buiatti@gmail.com</a><br>
> <a href="http://www.unicog.org/pm/pmwiki.php/Main/MarcoBuiatti" target="_blank">http://www.unicog.org/pm/pmwiki.php/Main/MarcoBuiatti</a><br>
><br>
</blockquote></div>