hi <span class="Apple-style-span" style="border-collapse:collapse;color:rgb(34,34,34);font-family:Tahoma,sans-serif;font-size:13px">Imali,</span><div><font class="Apple-style-span" color="#222222" face="Tahoma, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:collapse"><br>

</span></font></div><div><font class="Apple-style-span" color="#222222" face="Tahoma, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:collapse">your meshes had indeed tiny problems. To fixed it I just smoothed a tiny bit the meshes.</span></font></div>

<div><font class="Apple-style-span" color="#222222" face="Tahoma, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:collapse"><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" color="#222222" face="Tahoma, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:collapse">In matlab:</span></font></div>

<div><font class="Apple-style-span" color="#222222" face="Tahoma, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:collapse"><br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" color="#222222" face="Tahoma, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:collapse">>> load innerSkull</span></font></div>

<div><font class="Apple-style-span" color="#222222" face="Tahoma, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:collapse">>> om_save_tri('innerSkull.tri', curryloc', currytri');</span></font></div>

<div><br></div><div>then :</div><div><br></div><div>$om_mesh_smooth -i innerSkull.tri -o innerSkull_sm.tri -n 2</div><div>$om_mesh_convert -i innerSkull_sm.tri -o innerSkull_sm_flip.tri -invert</div><div><div>$ om_mesh_info -i innerSkull_sm_flip.tri </div>

<div>om_mesh_info version 2.2.dev (exported) compiled at Mar  7 2012 15:37:20</div><div><br></div><div>load_tri : innerSkull_sm_flip.tri</div><div>Mesh Info : </div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span># points : 2934</div>

<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span># triangles : 5864</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>Euler characteristic : 2</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>Min Area : 6.55783</div>

<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>Max Area : 28.9211</div><div>Mesh orientation correct (valid for closed mesh).</div><div><br></div><div>this should fix the problem. Note that you can surely also smooth the meshes in matlab.</div>

<div><br></div><div>Alex</div><div><div>-- </div><div>Alexandre Gramfort, PhD</div><div><a href="mailto:alexandre.gramfort@inria.fr">alexandre.gramfort@inria.fr</a></div><div>INRIA Parietal Project Team, NeuroSpin CEA Saclay</div>

<div>Bat. 145, PC 156</div><div>91191 Gif-sur-Yvette, France</div><div><a href="http://alexandre.gramfort.net">http://alexandre.gramfort.net</a></div></div><div><br></div><div class="gmail_quote">On Tue, Jun 12, 2012 at 3:25 AM, IMALI THANUJA HETTIARACHCHI <span dir="ltr"><<a href="mailto:ith@deakin.edu.au" target="_blank">ith@deakin.edu.au</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-AU" link="blue" vlink="purple">
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">Dear FieldTrip users,<u></u><u></u></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> <u></u><u></u></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">As I have faced problems in creating a head model with MRI's, so I thought to try the MNI head for creating the meshes. I used the NeuroScan software to create the surface meshes
 and exported them to Matlab. Then tried to crate the head model using ft_prepare_headmodel function.  however the 'om_minverser' stops working and the program terminates.<u></u><u></u></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> <u></u><u></u></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">When I plot the meshes they seem fine to me so I assume that there is no segmenting issues. But Now I get an error as attached in the 'log.txt' from the Matlab workspace, which
 says about self intersecting meshes. I have attached the Neuroscan exported meshes (innerSkull.mat,outerSkull.mat,skin.mat) and the Matlab function (m_file.txt) that I used in creating the head model.<u></u><u></u></span></p>


<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> <u></u><u></u></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">I really want to generate some simulated EEG data but cannot make anything work. If someone can give a guidance on where I am going wrong in the procedure , that will be highly
 appreciated.<u></u><u></u></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> <u></u><u></u></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">Many thanks.<u></u><u></u></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> <u></u><u></u></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">Kind regards<u></u><u></u></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">Imali<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-family:"Times New Roman","serif"">Imali Thanuja Hettiarachchi<u></u><u></u></span></b></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Times New Roman","serif"">PhD Candidate<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Times New Roman","serif"">Centre for Intelligent Systems research<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Times New Roman","serif"">Deakin University,
</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"">Geelong 3217, Australia.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman","serif""><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"">Mobile : <a href="tel:%2B61430321972" value="+61430321972" target="_blank">+61430321972</a><u></u><u></u></span></p>


<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"">Email:
<a href="mailto:ith@deakin.edu.au" target="_blank"><span style="color:blue">ith@deakin.edu.au</span></a><br>
</span><span style="font-family:"Times New Roman","serif""><a href="http://www.deakin.edu.au/cisr" target="_blank"><span style="color:blue">www.deakin.edu.au/cisr</span></a><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Times New Roman","serif""><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif""><img border="0" width="70" height="73" alt="Description: Description: Description: cid:1216BE20-1800-4A47-8B9F-E7B9D94831CD@deakin.edu.au"></span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""><u></u><u></u></span></p>


<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""><br>
<br>
</span><span><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<br>
<br>
The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is<br>
addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail<br>
contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at<br>
<a href="http://www.partners.org/complianceline" target="_blank">http://www.partners.org/complianceline</a> . If the e-mail was sent to you in error<br>
but does not contain patient information, please contact the sender and properly<br>
dispose of the e-mail.<br>
<br></blockquote></div><br><div name="mailplane_signature"><div>
-- <br>
Alexandre Gramfort, PhD<br>
<a href="mailto:alexandre.gramfort@inria.fr">alexandre.gramfort@inria.fr</a><br>
INRIA Parietal Project Team @ NeuroSpin CEA Saclay<br>
Bat. 145, PC 156<br>
91191 Gif-sur-Yvette, France<br>
<a href="http://www-sop.inria.fr/members/Alexandre.Gramfort/">http://www-sop.inria.fr/members/Alexandre.Gramfort/</a>
</div></div></div>