
<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Thanks, Jan-Mathijs!<div><br><div><div>Am 31.05.2012 um 12:21 schrieb jan-mathijs schoffelen:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Kathrin,<div><br></div><div><div><blockquote type="cite"><div>1) Is it correct that the functional data is flipped when the anatomy is in radiological convention (left is right)? <br></div></blockquote><div><br></div><div>Yes. FieldTrip does not have any of the 'conventions'. It just takes the data as it is represented in the mri-file (i.e. the block of voxels is oriented in a certain way, and FT just plots along the 3 cardinal voxel axes). For example, in DICOM images the voxel axes are often left-handed, leading to visualization according the 'radiological' convention.</div><div><br></div><br><blockquote type="cite"><div>2 ) How can I change the transformation matrix of my anatomy so that my results are plotted in neurological convention (i.e. left is left) - with ft_volumenormalise or ft_volumerealign?<br></div></blockquote><div><br></div><div>If the coordinate system in which the data are defined is right-handed, you can use ft_volumereslice to get the anatomical image to be visualized in neurological convention.</div><div>This function only works on anatomical data, so you should first reslice the anatomical data and only then interpolate the functional data onto the resliced anatomy.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Jan-Mathijs</div><div><br></div><br><blockquote type="cite"><div>Any help is very much appreciated.<br><br>Best,<br>Kathrin<br>--<br>Pflichtangaben gemäß Gesetz über elektronische Handelsregister und Genossenschaftsregister sowie das Unternehmensregister (EHUG):<br><br>Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf; Körperschaft des öffentlichen Rechts; Gerichtsstand: Hamburg<br><br>Vorstandsmitglieder: Prof. Dr. Guido Sauter (Vertreter des Vorsitzenden), Dr. Alexander Kirstein, Joachim Prölß, Prof. Dr. Dr. Uwe Koch-Gromus <br>_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a><br><a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></div></blockquote></div><br><div>

<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Jan-Mathijs Schoffelen, MD PhD </div><div><br></div><div>Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour, <br>Centre for Cognitive Neuroimaging,<br>Radboud University Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div><div>Max Planck Institute for Psycholinguistics,</div><div>Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div><div><a href="mailto:J.Schoffelen@donders.ru.nl">J.Schoffelen@donders.ru.nl</a></div><div>Telephone: +31-24-3614793</div></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></span>

</div>

<br></div></div>_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@science.ru.nl">fieldtrip@science.ru.nl</a><br>http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</blockquote></div><br></div><font face="monospace"><br>

--<br>

Pflichtangaben gemäß Gesetz über elektronische Handelsregister und Genossenschaftsregister sowie das Unternehmensregister (EHUG):<br>

<br>

Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf; Körperschaft des öffentlichen Rechts; Gerichtsstand: Hamburg<br>

<br>

Vorstandsmitglieder: Prof. Dr. Guido Sauter (Vertreter des Vorsitzenden), Dr. Alexander Kirstein, Joachim Prölß, Prof. Dr. Dr. Uwe Koch-Gromus </font></body></html>