<div dir="ltr">well, there's something there.<div>the no colorbar message only means that this is structural, not functional data so it will show in grayscale, no colors.</div><div>do you want to send me the image if it is not too big? I am not a ft developer but I can take a look, maybe you need to play with the contrst<br>

<br><div class="gmail_quote">On 7 May 2012 22:59, qi li <span dir="ltr"><<a href="mailto:lihqih@gmail.com" target="_blank">lihqih@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Yes, I have the same problem with ft_sourceplot_old. No figures out.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Mon, May 7, 2012 at 3:43 PM, Nathan Weisz <<a href="mailto:nathanweisz@mac.com">nathanweisz@mac.com</a>> wrote:<br>
> hi,<br>
><br>
> do you encounter the same issue with ft_sourceplot_old? (the image in the tutorial looks like the old function, but i may be mistaken)<br>
><br>
> good luck,<br>
> n<br>
><br>
> On 07.05.2012, at 21:19, qi li wrote:<br>
><br>
>> Hi Yuval,<br>
>><br>
>> Thanks for your help but ft_sourceplot still can not show nii either.<br>
>><br>
>> Now it is showing the message'<br>
>> Warning: no colorbar possible without functional data<br>
>>> In ft_sourceplot at 774<br>
>> the call to "ft_sourceplot" took 12 seconds and an estimated 15 MB<br>
>>>> mri<br>
>><br>
>> mri =<br>
>><br>
>>          dim: [256 256 256]<br>
>>      anatomy: [256x256x256 double]<br>
>>          hdr: [1x1 struct]<br>
>>    transform: [4x4 double]'<br>
>><br>
>> On Mon, May 7, 2012 at 2:03 PM, Yuval Harpaz <<a href="mailto:yuvharpaz@gmail.com">yuvharpaz@gmail.com</a>> wrote:<br>
>>> for work around try reading the nii with fieldtrip<br>
>>> regards<br>
>>> yuval<br>
>>><br>
>>> On 7 May 2012 20:52, qi li <<a href="mailto:lihqih@gmail.com">lihqih@gmail.com</a>> wrote:<br>
>>>><br>
>>>> Hi,<br>
>>>><br>
>>>> I am having trouble following the tutorial of  'source reconstruction<br>
>>>> of event-related fields using minimum-norm estimate'.<br>
>>>><br>
>>>> So far, I have been successfully done with the freesurfer and am<br>
>>>> checking the mri result by freesurfer.<br>
>>>><br>
>>>> The command is like this,<br>
>>>><br>
>>>> % go to the Subject01/mri directory<br>
>>>> mri = ft_read_mri('filled.mgz');<br>
>>>> cfg = [];<br>
>>>> cfg.interactive = 'yes';<br>
>>>> figure;ft_sourceplot(cfg, mri);<br>
>>>><br>
>>>> ft_sourceplot shows no figures at all. I do check the 'filled.mgz by<br>
>>>> converting it to nii and view it in afni. The white matter can be<br>
>>>> clearly seen.<br>
>>>><br>
>>>> Can anybody help? Thanks a lot!<br>
>>>><br>
>>>> Qi<br>
>>>> _______________________________________________<br>
>>>> fieldtrip mailing list<br>
>>>> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
>>>> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>><br>
>>> --<br>
>>><br>
>>> Y.Harpaz<br>
>>><br>
>>> a link to the BIU MEG lab:<br>
>>> <a href="http://faculty.biu.ac.il/~goldsa/index.html" target="_blank">http://faculty.biu.ac.il/~goldsa/index.html</a><br>
>>><br>
>>><br>
>>> _______________________________________________<br>
>>> fieldtrip mailing list<br>
>>> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
>>> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> fieldtrip mailing list<br>
>> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
>> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> fieldtrip mailing list<br>
> <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
> <a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><br>Y.Harpaz<br><br>a link to the BIU MEG lab:<br><a href="http://faculty.biu.ac.il/%7Egoldsa/index.html" target="_blank">http://faculty.biu.ac.il/~goldsa/index.html</a></div>

<br>
</div></div>