
<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Hi Alex,</div><div><br><blockquote type="cite"><div>I am curious to know if fieldtrip handles this properly? and if so how.<br></div></blockquote><div><br></div><div>It depends a bit on the exact algorithm that is used, but for example the runica implementation (we use the EEGlab code for this) performs a whitening of the data prior to the decomposition. This would address the difference in magnitude issue, wouldn't it?</div><br><blockquote type="cite"><div>Also can Fieldtrip write data back into fif files keeping intact<br>all the measurement info?<br></div></blockquote><div><br></div><div>Not really; I have some code of Lauri's (which is not yet in FT), which can write epoched data to a fif-file. However, most of the measurement info is lost along the way. Also, since we're not fif-experts, it's not trivial for us to find out how the measurement info should be formatted. Of course it is possible to reverse engineer this from the mne-code, but this is heavily geared towards elekta hardware. Yet, I could imagine that this functionality could be valuable, because it would enable two-way traffic of data between FT and MNE-suite. Do you happen to have any code that writes meaningful measurement info?</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Jan-Mathijs</div><div><br></div><br><blockquote type="cite"><div><br>thanks<br><br>Alex<br>-- <br>Alexandre Gramfort, PhD<br><a href="mailto:alexandre.gramfort@inria.fr">alexandre.gramfort@inria.fr</a><br>INRIA Parietal Project Team, NeuroSpin CEA Saclay<br>Bat. 145, PC 156<br>91191 Gif-sur-Yvette, France<br>http://alexandre.gramfort.net<br><br>On Thu, Apr 12, 2012 at 7:21 PM, Candida Jane Maria Ustine<br><candida@nmr.mgh.harvard.edu> wrote:<br><blockquote type="cite">Hello All,<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">I have just started reading about fieldtrip and I am learning a lot of<br></blockquote><blockquote type="cite">exciting things.<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">I have MEG data using the neuromag system and I wanted to run the<br></blockquote><blockquote type="cite">Independent Component Analysis on the .fif files to remove the EOG and ECG<br></blockquote><blockquote type="cite">artifact from them. I see that the documentation provided in the<br></blockquote><blockquote type="cite">website(http://fieldtrip.fcdonders.nl/example/use_independent_component_analysis_ica_to_remove_eog_artifacts)<br></blockquote><blockquote type="cite">has resources to handle CTF datasets, and I was wondering if anyone has<br></blockquote><blockquote type="cite">looked into the option of using the .fif files directly.<br></blockquote><blockquote type="cite">Or is there a way to convert the *.fif files to the CTF format as there is<br></blockquote><blockquote type="cite">an MNE utility to do the reverse mne_ctf2fif?<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Thanks much for your time and help!<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Best,<br></blockquote><blockquote type="cite">Candida<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">--<br></blockquote><blockquote type="cite">Candida Jane Maria Ustine<br></blockquote><blockquote type="cite">Martinos Center for Biomedical Imaging<br></blockquote><blockquote type="cite">MGH<br></blockquote><blockquote type="cite">Kuperberg Lab<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">The information in this e-mail is intended only for the person to whom it<br></blockquote><blockquote type="cite">is addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the<br></blockquote><blockquote type="cite">e-mail contains patient information, please contact the Partners Compliance<br></blockquote><blockquote type="cite">HelpLine at http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent<br></blockquote><blockquote type="cite">to you in error but does not contain patient information, please contact the<br></blockquote><blockquote type="cite">sender and properly dispose of the e-mail.<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">_______________________________________________<br></blockquote><blockquote type="cite">fieldtrip mailing list<br></blockquote><blockquote type="cite">fieldtrip@donders.ru.nl<br></blockquote><blockquote type="cite">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is<br></blockquote><blockquote type="cite">addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the<br></blockquote><blockquote type="cite">e-mail<br></blockquote><blockquote type="cite">contains patient information, please contact the Partners Compliance<br></blockquote><blockquote type="cite">HelpLine at<br></blockquote><blockquote type="cite">http://www.partners.org/complianceline . If the e-mail was sent to you in<br></blockquote><blockquote type="cite">error<br></blockquote><blockquote type="cite">but does not contain patient information, please contact the sender and<br></blockquote><blockquote type="cite">properly<br></blockquote><blockquote type="cite">dispose of the e-mail.<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><br>_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br>fieldtrip@donders.ru.nl<br>http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip<br></div></blockquote></div><br><div>

<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Jan-Mathijs Schoffelen, MD PhD </div><div><br></div><div>Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour, <br>Centre for Cognitive Neuroimaging,<br>Radboud University Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div><div>Max Planck Institute for Psycholinguistics,</div><div>Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div><div><a href="mailto:J.Schoffelen@donders.ru.nl">J.Schoffelen@donders.ru.nl</a></div><div>Telephone: +31-24-3614793</div></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></span>

</div>

<br></body></html>