Hi Candida,<div><br></div><div>An alternative to using fieldtrip would be EEGLAB (I believe Fieldtrip using the code there anyway).  I was able to run ICA on my combined EEG/Neuromag-122 data using a combination of the MNE MATLAB toolbox (specifically, fiff_setup_read_raw & fiff_read_raw_segment) and EEGLAB's import from MATLAB matrix functionality.  More work would be required to retain the sensor locations and resulting component topographies.  Then, along the lines of Alex's concerns, you could run the decomposition separately for each sensor type (Mags/Grads/EEG).  This may be unnecessary if the runica algorithm handles this properly (assuming you have imported the sensor types along with the time series data into EEGLAB).  After subtracting out the artifact components, you could then replace the appropriate entires of your original data matrix and use fiff_write_raw_segment (from the nightly build of the MNE suite).  </div>

<div><br></div><div>Hope this helps,</div><div>Andy</div><div><div><br></div>-- <br><font><span style="color:rgb(0,0,0)">Andrew R. Dykstra, PhD</span></font><div style="color:rgb(0,0,0)"><font>Auditory Cognition Lab</font></div>

<div style="color:rgb(0,0,0)"><font>Neurologie und Poliklinik</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font><span style="font-family:arial,sans-serif;background-color:rgb(255,255,255)">Universitätsklinikum Heidelberg</span></font></div>

<div style="color:rgb(0,0,0)"><font face="arial, sans-serif"><span><span style="background-color:rgb(255,255,255)">Im Neuenheimer Feld 400<br>69120 Heidelberg</span></span></font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font><br>

</font></div><div style="color:rgb(0,0,0)"><font>"How
 small the cosmos.  How paltry and puny compared to human consciousness .
 . . to a single individual recollection." - Vladimir Nabokov</font></div><br>
</div>