
<html><head><base href="x-msg://120/"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi Fred,<div><br></div><div>You specify the seg to be downsampled. Therefore, I guess that the seg.dim and the mri.dim don't match anymore. Nor will the dimensions of the mri.anatomy match those of the seg.gray/white/csf. Also, as Ali suggests, the transformation matrices cannot be exchanged anymore.</div><div>I suspect that if you do: cfg = []; cfg.downsample = 2; mri2=ft_volumedownsample(cfg, mri); seg.anatomy = mri2.anatomy (and leave out seg.transform = mri.transform) that things will look a bit better.</div><div><br></div><div>JM</div><div><br><div><div>On Mar 29, 2012, at 12:37 PM, Frederic Roux wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div class="hmmessage" style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma; "><div dir="ltr">Dear all,<br><br>I am trying to create mni-aligned grids in individual head-space<br>and have followed the code provided in the corresponding example-script<span class="Apple-converted-space"> </span><br>on the fieldtrip site to the line.<br><br>However when I plot the segmented volume it looks as if something<br>is going wrong. I am attaching the plots of the gray and white matter,<br>as well as of the csf.<br><br>I tried flipping the dimensions as suggested in the example script, however<br>this had zero effect.<br><br>My code looks like this.<br><br>addpath('/data/common/FieldtripCurrent/fieldtrip-20120105/');<br>ft_defaults;<br><br>mri = ft_read_mri([path2files,'ID_V2.mri']);<br><br>cfg = [];<br>cfg.coordsys = 'ctf';<br>cfg.downsample = 2;<br>seg = ft_volumesegment(cfg,mri);<br><br>seg.transform = mri.transform;<br>seg.anatomy = mri.anatomy;<br><br>figure;<br>cfg = [];<br>ft_sourceplot(cfg,seg);<br>figure;<br>cfg = [];<br>cfg.funparameter = 'gray';<br>ft_sourceplot(cfg,seg);<br>figure;<br>cfg = [];<br>cfg.funparameter = 'white';<br>ft_sourceplot(cfg,seg);<br>figure;<br>cfg = [];<br>cfg.funparameter = 'csf';<br>ft_sourceplot(cfg,seg);<br><br>Anybody an idea why this is happening?<br>Any help would be highly appreciated.<br><br>Fred<br>--<span class="Apple-converted-space"> </span><br>Frédéric Roux, PhD student<br>Department of Neurophysiology<br>Max Planck Institute for Brain Research<br>D-60529 Frankfurt am Main<br><a href="mailto:Frederic.Roux@brain.mpg.de">Frederic.Roux@brain.mpg.de</a><br>+49(0)69630183225<br><br><br></div><span><segmented_1.jpg></span>_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br><a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></div></span></blockquote></div><br><div>

<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Jan-Mathijs Schoffelen, MD PhD </div><div><br></div><div>Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour, <br>Centre for Cognitive Neuroimaging,<br>Radboud University Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div><div>Max Planck Institute for Psycholinguistics,</div><div>Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div><div><a href="mailto:J.Schoffelen@donders.ru.nl">J.Schoffelen@donders.ru.nl</a></div><div>Telephone: +31-24-3614793</div></div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></span>

</div>

<br></div></body></html>