
<html><head><style type='text/css'>p { margin: 0; }</style></head><body><div style='font-family: Times New Roman; font-size: 12pt; color: #000000'><P>Hi Akiko,</P>

<P> </P>

<P>I'm not sure whether this is causing it, but what size inwardshift did you use when preparing your sourcemodel? Also check this page on our wiki:</P>

<P> </P>

<P><A href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/example/create_single-subject_grids_in_individual_head_space_that_are_all_aligned_in_mni_space">http://fieldtrip.fcdonders.nl/example/create_single-subject_grids_in_individual_head_space_that_are_all_aligned_in_mni_space</A></P>

<P> </P>

<P>Best,</P>

<P>Arjen</P>

<P>

<HR id=zwchr>

</P>

<BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: rgb(16,16,255) 2px solid; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px"><B>Van: </B>"Akiko Ikkai" <akiko.ikkai@gmail.com><BR><B>Aan: </B>fieldtrip@donders.ru.nl<BR><B>Verzonden: </B>Donderdag 29 maart 2012 00:22:46<BR><B>Onderwerp: </B>[FieldTrip] beamformer results smaller than brain<BR><BR>Hi Fieldtrip users,

<DIV><BR></DIV>

<DIV>I'm hoping that someone could give me advice on segmentation and beamformer on EEG data. I have EEG data set based on 128 channel cap. Thanks to the help I got in mid-Feb, I'm now able to create a decent segmentation (seg_results image attached) and volume conduction model. However, when I run beamformer based on these models, resulting beamforming image is often smaller than the brain (beamformer_result attached). Particularly posterior parietal and occipital map is NaN. </DIV>

<DIV><BR></DIV>

<DIV>I have tried going back to segmentation and expanded brain by using imdilate after ft_volumesegment such as:</DIV>

<DIV><BR></DIV>

<DIV>newbrain = imdilate(seg2.brain,strel_bol(1)); % seg2.brain is original brain tissue from segmentation</DIV>

<P class=p1>seg2.brain = newbrain;</P>

<DIV>seg2.seg = seg2.scalp + seg2.skull*3 + seg2.brain*6;</DIV>

<DIV><BR></DIV>

<DIV>and run ft_prepare_mesh_new on seg2. Of course, I have to make sure there is no intersect between different tissue types, so using imdilate has limitation. </DIV>

<DIV><BR></DIV>

<DIV>Could someone explain why this shrinkage might be happening, and how I could fix it? </DIV>

<DIV><BR></DIV>

<DIV>Thanks in advance! Akiko</DIV>

<DIV>

<DIV><BR></DIV>-- <BR><FONT size=+0><SPAN style="FONT-FAMILY: arial,helvetica,sans-serif">Akiko Ikkai, Ph.D. <BR>Postdoctoral Fellow<BR style="FONT-FAMILY: arial,helvetica,sans-serif"></SPAN></FONT><FONT style="FONT-FAMILY: arial,helvetica,sans-serif" size=2 face="'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'">Department of Psychological and Brain Sciences<BR>Johns Hopkins University<BR>Ames Hall, 3400 N. Charles St.<BR>Baltimore, MD 21218</FONT><BR style="FONT-FAMILY: arial,helvetica,sans-serif"><BR><BR></DIV><BR>_______________________________________________<BR>fieldtrip mailing list<BR>fieldtrip@donders.ru.nl<BR>http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</BLOCKQUOTE><BR></div></body></html>