<html>
  <head>
    
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Dear fieldtrippers,<br>
    I'm still in need of an advise on the issue below. Any help would be
    greatly appreciated!!<br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
      charset=ISO-8859-1">
        Dear Robert and Stephan,<br>
    Thank you for your replies. <br>
    I guess I use what Robert called the 'regular' 3D grid, but I'm not
    quite sure.<br>
    <br>
    The structures of my headmodel and leadfield matrix are the
    following (based on data from a BEM standard file):<br>
    <br>
    vol = <br>
    <br>
         bnd: [1x3 struct]<br>
        cond: [0.3300 0.0041 0.3300]<br>
         mat: [3000x3000 double]<br>
        type: 'dipoli'<br>
    <br>
    <br>
    <br>
    ldf = <br>
    <br>
            xgrid: [-65 -58 -51 -44 -37 -30 -23 -16 -9 -2 5 12 19 26 33
    40 47 54 61 68]<br>
            ygrid: [-107 -100 -93 -86 -79 -72 -65 -58 -51 -44 -37 -30
    -23 -16 -9 -2 5 12 19 26 33 40 47 54 61 68 75]<br>
            zgrid: [-52 -45 -38 -31 -24 -17 -10 -3 4 11 18 25 32 39 46
    53 60 67 74 81]<br>
              dim: [20 27 20]<br>
              pos: [10800x3 double]<br>
           inside: [1x5739 double]<br>
          outside: [1x5061 double]<br>
        leadfield: {1x10800 cell}<br>
              cfg: [1x1 struct]<br>
    <br>
    <br>
    <b>In any case, I still don't quite understand how to calculate the
      neighbours to each voxel.<br>
    </b>By saying that the "neighbours are trivial to find and you do
    not have to specify a structure", do you mean that I don't need to
    define the cfg.neighbours property at all (given that I do use a
    regular 3D grid)?<br>
    <br>
    Thanks again for your help, cheers,<br>
    Ulrich <br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <br>
    On 31.01.2012 21:48, <a moz-do-not-send="true"
      class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:smoratti@psi.ucm.es">
      smoratti@psi.ucm.es</a> wrote:
    <blockquote
      cite="mid:b22e6875075e4c5dace4ee98aae1864b@EXCCAHT-4.mail.uke.ads"
      type="cite">
      Dear Robert,
      <div><br>
      </div>
      <div>To do clustering on a 3D source surface I always had to
        "trick" field trip and squeezed the 3D source surface data into
        a ERF structure treating the 3D surface points as sensors. Then
        by triangulation I found the neighbors. However, if there is a
        more elegant method implemented in ft_sourcestatistc, I would be
        very interested to know how to do it. Where can I find some
        hints on that?</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Best,</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Stephan</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>
        <div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:
            separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica;
            font-style: normal; font-variant: normal; font-weight:
            normal; letter-spacing: normal; line-height: normal;
            orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px;
            text-transform: none; white-space: normal; widows: 2;
            word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px;
            -webkit-border-vertical-spacing: 0px;
            -webkit-text-decorations-in-effect: none;
            -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width:
            0px; font-size: medium; ">
            <div>
              <div>________________________________________________________</div>
              <div>Stephan Moratti, PhD<br>
                <br>
              </div>
              <div>see also: <a moz-do-not-send="true"
                  href="http://web.me.com/smoratti/">http://web.me.com/smoratti/</a><br>
                <br>
              </div>
              <div>Universidad Complutense de Madrid</div>
              <div>Facultad de Psicología</div>
              <div>Departamento de Psicología Básica I</div>
              <div>Campus de Somosaguas</div>
              <div>28223 Pozuelo de Alarcón (Madrid)</div>
              <div>Spain</div>
              <div><br>
              </div>
              <div>and</div>
              <div><br>
              </div>
              <div>Center for Biomedical Technology</div>
              <div>Laboratory for Cognitive and Computational
                Neuroscience</div>
              <div>Parque Científico y Tecnológico de la Universidad
                Politecnica de Madrid<br>
                Campus Montegancedo</div>
              <div>28223 Pozuelo de Alarcón (Madrid)</div>
              <div>Spain<br>
                <br>
                <br>
                email: <a moz-do-not-send="true"
                  href="mailto:smoratti@psi.ucm.es">smoratti@psi.ucm.es</a><br>
                Tel.:    +34 679219982</div>
            </div>
          </span></div>
        <br>
        <div>
          <div>El 31/01/2012, a las 15:37, Robert Oostenveld escribió:</div>
          <br class="Apple-interchange-newline">
          <blockquote type="cite">
            <div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space;
              -webkit-line-break: after-white-space; ">
              Dear Ulrich
              <div><br>
              </div>
              <div>If your source locations are defined on a regular 3D
                grid that can be represented as volume, then the
                neighbours are trivial to find and you do not have to
                specify a structure for the neighbours. </div>
              <div><br>
              </div>
              <div>If you have done source reconstruction on a 3D folded
                cortical sheet that is defined by a triangulated
                surface, then it is also possible to cluster along the
                surface. I don't know the details for the cortical sheet
                clustering from the top of my head, if you are
                interested please let me know and I'll look them up.  </div>
              <div><br>
              </div>
              <div>best</div>
              <div>Robert</div>
              <div><br>
              </div>
              <div><br>
              </div>
              <div><br>
              </div>
              <div><br>
                <div>
                  <div>On 30 Jan 2012, at 16:58, Pomper, Ulrich wrote:</div>
                  <br class="Apple-interchange-newline">
                  <blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span"
                      style="border-collapse: separate; font-family:
                      Helvetica; font-style: normal; font-variant:
                      normal; font-weight: normal; letter-spacing:
                      normal; line-height: normal; orphans: 2;
                      text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px;
                      text-transform: none; white-space: normal; widows:
                      2; word-spacing: 0px;
                      -webkit-border-horizontal-spacing: 0px;
                      -webkit-border-vertical-spacing: 0px;
                      -webkit-text-decorations-in-effect: none;
                      -webkit-text-size-adjust: auto;
                      -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium;
                      ">Dear Jörn,<br>
                      Thanks for you reply. I did mean source-level, so
                      like you said, I am trying to define the
                      neighbouring voxels for each voxel.<br>
                      As far as I understand, leaving cfg.neighbours
                      blank means that the clustering is done over the
                      time and frequency dimensions only, not over
                      space.<span class="Apple-converted-space"> </span><br>
                      The FT help reads:<span
                        class="Apple-converted-space"> </span><br>
                      %If you specify an empty neighbourhood structure,
                      clustering will only be done in frequency and time
                      (if available) and not over neighbouring channels.<br>
                      <br>
                      Has anybody done clustering in source space using
                      all three dimensions and could explain how this
                      works?<br>
                      Cheers,<span class="Apple-converted-space"> </span><br>
                      Ulrich<br>
                      <br>
                    </span></blockquote>
                </div>
                <br>
              </div>
            </div>
            _______________________________________________<br>
            fieldtrip mailing list<br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
            <a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext"
              href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></blockquote>
        </div>
        <br>
      </div>
      <font face="monospace"><br>
        --<br>
        Pflichtangaben gemäß Gesetz über elektronische Handelsregister
        und Genossenschaftsregister sowie das Unternehmensregister
        (EHUG):<br>
        <br>
        Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf; Körperschaft des
        öffentlichen Rechts; Gerichtsstand: Hamburg<br>
        <br>
        Vorstandsmitglieder: Prof. Dr. Guido Sauter (Vertreter des
        Vorsitzenden), Dr. Alexander Kirstein, Joachim Prölß, Prof. Dr.
        Dr. Uwe Koch-Gromus
      </font></blockquote>
    <br>
    <font face="monospace"><br>
      --<br>
      Pflichtangaben gemäß Gesetz über elektronische Handelsregister und
      Genossenschaftsregister sowie das Unternehmensregister (EHUG):<br>
      <br>
      Universitätsklinikum Hamburg-Eppendorf; Körperschaft des
      öffentlichen Rechts; Gerichtsstand: Hamburg<br>
      <br>
      Vorstandsmitglieder: Prof. Dr. Guido Sauter (Vertreter des
      Vorsitzenden), Dr. Alexander Kirstein, Joachim Prölß, Prof. Dr.
      Dr. Uwe Koch-Gromus </font>
  </body>
</html>