Hi Jörn,<br><br>Thanks a lot! Now it makes sense to me.<br><br>Best regards,<br><br>Qi<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 5, 2012 at 3:20 AM, "Jörn M. Horschig" <span dir="ltr"><<a href="mailto:jm.horschig@donders.ru.nl">jm.horschig@donders.ru.nl</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Dear Qi,<br>
    <br>
    Though I am not sure to what z-score formula you are referring to, I
    guess you are talking about the 'summary' mode of ft_rejectvisual.
    Z-scores are computed in different ways here, once across channels
    and once across time, leading to two different plots. The third plot
    is an accumulated plot of these two, where colors indicate the
    strength of the selected measure (e.g. z-score). Thus, in terms of
    the z-score formula, it is once computed with the average and
    standard deviation across the time-dimension per channel and once
    across the channel-dimension per time bin. I hope this clarifies why
    the two plots don't show the same.  <br>
    <br>
    ICA can also be applied to eye blinks, for which an example is given
    in the "Walkthrough"<br>
<a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/walkthrough#using_ica_for_eye_artifact_removal" target="_blank">http://fieldtrip.fcdonders.nl/walkthrough#using_ica_for_eye_artifact_removal</a><br>
    <br>
    And of course, ICA can be used for anything else you believe in
    (e.g. look for papers by Makeig)<br>
    <br>
    Best,<br>
    Jörn<div><div class="h5"><br>
    <br>
    On 1/4/2012 4:52 PM, qi li wrote:
    </div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">Hi,<br>
      <br>
      I am confused about the plot of the z-score and 'most contribute'
      channel trial plot in the automatic artifact rejection tutorial.
      The z-score formula provided in the tutorial is  linear to the
      time course of a particular channel of a specific trial, but the
      two plots don't look alike.<br>
      <br>
      ICA in the tutorial only applies to ECG, can it be applied to
      remove eye blink and other known artifacts instead of rejecting
      trials.<br>
      <br>
      Thanks!<br>
      <br>
      Qi<br>
      <br>
      <br>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      </div></div><pre>_______________________________________________
fieldtrip mailing list
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></pre>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
    <pre cols="72">-- 
Jörn M. Horschig
PhD Student
Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour 
Centre for Cognitive Neuroimaging
Radboud University Nijmegen 
Neuronal Oscillations Group

P.O. Box 9101
NL-6500 HB Nijmegen
The Netherlands

Contact:
E-Mail: <a href="mailto:jm.horschig@donders.ru.nl" target="_blank">jm.horschig@donders.ru.nl</a>
Tel:    <a href="tel:%2B31-%280%2924-36-68493" value="+31243668493" target="_blank">+31-(0)24-36-68493</a>
Web: <a href="http://www.ru.nl/donders" target="_blank">http://www.ru.nl/donders</a>

Visiting address:
Trigon, room 2.30
Kapittelweg 29
NL-6525 EN Nijmegen
The Netherlands</pre>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br>