Thank you for your help Jan. I tried all you told but i continue with my problem. The coordinates for the head (volume) and mri are the same, with the function ft_determine_coordsys i see this. <br>I think that the problem is about the sensor (helmet) origin of coordinates. Please see the images i adjunt here,<b> the sensors origin is very low</b>(nearly out of the helmet) and when ploting everything i suppose that every origin align to each other, so that the brain comes a little bit low. <br>
<br>Best whishes,<br><br>Ion<br><br><div class="gmail_quote">2012/1/2 jan-mathijs schoffelen <span dir="ltr"><<a href="mailto:jan.schoffelen@donders.ru.nl">jan.schoffelen@donders.ru.nl</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div style="word-wrap:break-word">Dear Ion,<div><br></div><div>Are you sure that the sensor positions are defined in the same coordinate system as are the volume conductor model and the source positions? If not, then this is the likely cause of the shift. You can have a look here for more information about the different coordinate systems: <a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/faq/how_are_the_different_head_and_mri_coordinate_systems_defined" target="_blank">http://fieldtrip.fcdonders.nl/faq/how_are_the_different_head_and_mri_coordinate_systems_defined</a></div>
<div><br></div><div>In order to coregister the anatomical mri to the sensor array, you can use ft_volumerealign. </div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div><br></div><div>Jan-Mathijs</div><div><br></div><div><br><div>
<div><div class="h5"><div>On Jan 2, 2012, at 5:11 PM, Ion Lavado wrote:</div><br></div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">Hello, i'm working with MEG data from Elekta Neuromag. My problem comes when i try to plot the headmodel with the function ft_headmodelplot(cfg). This should plot the head model(volume) + brain grid + sensors. As you can see in the adjunted image, my head volume and grid is not centered and part of the head could not be read by the sensors. Is it possible to modify this so i can center the head in the sensors(helmet)? <br>

Thank you very much.<br><br>Ion Lavado <br>
</div></div><span><headmodelplot.jpg></span>_______________________________________________<br>fieldtrip mailing list<br><a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br><a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a></blockquote>
</div><br><div>
<span style="border-collapse:separate;color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;font-size:medium"><span style="border-collapse:separate;color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;font-size:medium"><div style="word-wrap:break-word">
<span style="border-collapse:separate;color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:-webkit-auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;font-size:medium"><div style="word-wrap:break-word">
<span style="border-collapse:separate;color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;font-size:medium"><div style="word-wrap:break-word">
<span style="border-collapse:separate;color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;font-size:medium"><div style="word-wrap:break-word">
<span style="border-collapse:separate;color:rgb(0,0,0);font-family:Helvetica;font-size:medium;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
<div>Jan-Mathijs Schoffelen, MD PhD </div><div><br></div><div>Donders Institute for Brain, Cognition and Behaviour, <br>Centre for Cognitive Neuroimaging,<br>Radboud University Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div>
<div>Max Planck Institute for Psycholinguistics,</div><div>Nijmegen, The Netherlands</div><div><br></div><div><a href="mailto:J.Schoffelen@donders.ru.nl" target="_blank">J.Schoffelen@donders.ru.nl</a></div><div>Telephone: <a href="tel:%2B31-24-3614793" value="+31243614793" target="_blank">+31-24-3614793</a></div>
</div></span></div></span></div></span></div></span></div></span></span>
</div>
<br></div></div><br>_______________________________________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip</a><br></blockquote></div><br>