<p>Nico,</p><p>Your question gives me the chance to ask something I've been curious about. It seems to me that one of the nifty things about permutation cluster analysis is that it allows you to do anything that seems reasonable as long you decide on the process ahead of time and don't do any future tweaking other than fixing coding errors. I'm curious whether the Fieldtrip code make it easy to insert new statistics modules. </p>

<p>I presume your actual question had to do with whether Fieldtrip already has the possibility of doing that 2x3 ANOVA.  I suspect it doesn't have that capability. However, it would be nice if the permutation cluster analysis could be made sufficiently modular that one could make use of all the complicated clustering and permuting and all, but enable the user to substitute their own statistical method.  I haven't actually watched my students doing the nitty-gritty use of Fieldtrip's version of the permutation test (other than knowing that is is very nice and well documented) so I don't know how easy it is to stick in one's own favorite statistic, but I'm hoping it is easy. </p>

<p>Stan<br><br></p><div class="gmail_quote">On Mon, Dec 5, 2011 at 4:58 AM, Nico Alexander Willi Kremers <span dir="ltr"><<a href="mailto:nkremers@uni-bonn.de">nkremers@uni-bonn.de</a>></span> wrote:<br><blockquote style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex; border-left-color: rgb(204, 204, 204); border-left-width: 1px; border-left-style: solid;" class="gmail_quote">

<br>
Hi,<br>
<br>
I followed the discussion about implementing a 2x2 within subjects design into a cluster statistic with much interest. I want to implement a 2x3 repeated measure anova in a cluster analysis using fieldtrip. I think for this type of analysis subracting two conditions from each other and then calculate a ttest is not appropriate. Is there another way of calculating the interaction effect between the two factors and generate clusters for real and permutation data? What specifications must be set and how?<br>


<br>
Thank you very much for your answer,<br>
<br>
Nico<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
fieldtrip mailing list<br>
<a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl" target="_blank">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
<a href="http://mailman.science.ru.nl/mailman/listinfo/fieldtrip" target="_blank">http://mailman.science.ru.nl/<u></u>mailman/listinfo/fieldtrip</a><br>
</blockquote></div><br>