Zita,<br><br>The sensitivity of the cluster test varies depending on the time window you analyze. Specifically, the sensitivity is greater when testing a small time window; see the discussion of cfg.latency at <a href="http://fieldtrip.fcdonders.nl/tutorial/cluster_permutation_timelock#the_configuration_settings">http://fieldtrip.fcdonders.nl/tutorial/cluster_permutation_timelock#the_configuration_settings</a> . But to properly control the type I error rate, it seems the time window of analysis should be chosen based on a priori predictions about where the effect should appear (i.e., not chosen based on your own data after you've looked at it).<br>
<br>Best,<br>Steve Politzer-Ahles<br><br><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Message: 5<br>
Date: Fri, 7 Oct 2011 10:18:01 +0100<br>
From: Zita Eva Patai <<a href="mailto:eva.patai@psy.ox.ac.uk">eva.patai@psy.ox.ac.uk</a>><br>
To: <a href="mailto:fieldtrip@donders.ru.nl">fieldtrip@donders.ru.nl</a><br>
Subject: [FieldTrip] cluster>nothing to plot<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CACPtmWPJAuVsRRJuKt55P9cMqxPc4LyoNw8f6gi-NPVUuLiUag@mail.gmail.com">CACPtmWPJAuVsRRJuKt55P9cMqxPc4LyoNw8f6gi-NPVUuLiUag@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>
<br>
Dear All<br>
<br>
I am running the Cluster-based permutation tests on event related fields,<br>
and for the same dataset, with all settings identical, when i run:<br>
0-200ms: i get one significant cluster<br>
but:<br>
0-500ms: no significant clusters<br>
<br>
why does my significant cluster disappear depending on the time window i<br>
use?<br>
<br>
thank you!<br>
z<br>
<br>
<br>
--<br>
<br>
Zita Patai<br>
DPhil Candidate, Experimental Psychology<br>
University of Oxford<br>
<a href="http://bcl.psy.ox.ac.uk/people/zita-eva-patai/" target="_blank">bcl.psy.ox.ac.uk/people/zita-eva-patai/</a><br>
<a href="mailto:eva.patai@psy.ox.ac.uk">eva.patai@psy.ox.ac.uk</a><br></blockquote></div>-- <br>Stephen Politzer-Ahles<br>University of Kansas<br>Linguistics Department<br><a href="http://www.linguistics.ku.edu/">http://www.linguistics.ku.edu/</a><br>